结论：上班迟到三次扣一千块钱是否合理，需结合具体情况判断，但通常情况下，若公司规章制度未明确规定且扣除金额过高，则可能不合理。以下从多个角度进行分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度需合法合理：
- 根据《劳动合同法》及相关规定，公司有权制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须合法、合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
- 如果公司规章制度中明确规定了迟到三次扣除一千元，且该规定在制定时经过了民主程序（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商等），并向员工进行了公示或告知，那么该规定在法律上可能具有一定的效力。
规章制度未规定或规定不明确：
- 如果公司规章制度中未明确规定迟到三次扣除一千元，或者规定不明确，那么公司擅自扣除员工一千元可能缺乏法律依据。
二、扣除金额合理性的角度
扣除金额需与违纪行为相适应：
- 即使公司规章制度中有相关规定，扣除的金额也应与员工的违纪行为相适应，不能过分高于员工因违纪行为给公司造成的损失。
- 迟到三次扣除一千元，对于大多数员工来说，可能是一个相对较高的金额，尤其是当迟到行为并未给公司造成显著损失时。
参考当地最低工资标准：
- 在判断扣除金额是否合理时，还可以参考当地的最低工资标准。如果扣除后的工资低于最低工资标准，那么该扣除行为可能违法。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果公司擅自扣除员工一千元且缺乏法律依据，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司返还被扣除的工资。
- 公司还可能因违反劳动法律法规而面临行政处罚或民事赔偿等法律责任。
建议：
- 对于员工：如果认为公司扣除的工资不合理，可以先与公司进行协商，要求公司说明扣除的依据和合理性。如果协商无果，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
- 对于公司：应制定合法合理的规章制度，并确保这些规章制度在制定时经过了民主程序并向员工进行了公示或告知。在扣除员工工资时，应确保扣除的金额与员工的违纪行为相适应，并遵守相关法律法规的规定。
四、具体计算与示例（虽本题不涉及具体数值计算，但为说明合理性，可构建示例）
- 示例：假设某员工月工资为5000元，迟到三次被扣除1000元。若该员工因迟到给公司造成的实际损失远低于1000元（如因迟到导致的工作延误损失仅为100元），则扣除1000元显然不合理。
- 计算公式（虽不直接用于本题，但为说明问题）：合理扣除金额 = 实际损失金额 + 适当惩罚性金额（该惩罚性金额应合理且不超过法律法规规定的上限）。
综上所述，上班迟到三次扣一千块钱是否合理，需结合公司规章制度、扣除金额的合理性以及相关法律法规进行综合判断。如果认为公司扣除的工资不合理，建议员工先与公司协商，协商无果后再寻求法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。