结论：迟到三次扣一千是否合理，不能一概而论，需结合具体情况判断，但通常情况下，这种扣款方式可能存在不合理之处。

分析：

1. 从劳动合同和规章制度的角度：

   • 根据《劳动合同法》及相关规定，用人单位有权制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须合法、合理，并且需要经过民主程序制定，向劳动者公示。
   • 如果公司的规章制度中明确规定了迟到三次扣一千的条款，并且该条款已经向员工公示，员工也签字确认了，那么从形式上看，这一条款是有效的。但是，条款的合理性仍需接受审查。如果扣款金额过高，超出了员工因迟到给公司造成的实际损失，那么该条款可能因显失公平而被认定为无效或部分无效。

2. 从扣款金额合理性的角度：

   • 迟到三次扣一千，相当于每次迟到扣款约三百三十三元。这个金额是否合理，需要看员工的工资水平、迟到给公司造成的实际损失以及公司的整体薪酬结构等因素。
   • 如果员工的工资水平较低，或者迟到并未给公司造成显著损失，那么这种扣款方式可能显得过于严厉，不合理。
   • 一般来说，扣款应当与员工的过错程度、给公司造成的损失相适应。如果扣款金额过高，可能违反了公平原则和诚实信用原则。

3. 从法律限制的角度：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 如果迟到三次扣一千导致员工当月工资扣除部分超过其工资的20%，或者扣除后剩余工资低于当地最低工资标准，那么这种扣款方式就是违法的。

建议：

• 如果你认为公司的扣款方式不合理或违法，可以先与公司协商，要求公司调整扣款金额或方式。
• 如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
• 在处理此类问题时，建议你保留好相关的证据，如劳动合同、规章制度、工资条、扣款通知等，以便在需要时提供证明。

示例：

假设你的月工资为5000元，迟到三次被扣一千。按照法律规定，每月扣除的部分不得超过你当月工资的20%，即1000元（5000元*20%）。虽然在这个例子中，扣款金额没有超过你当月工资的20%，但如果你的迟到并未给公司造成显著损失，或者公司的其他员工在类似情况下并未受到如此严厉的处罚，那么这种扣款方式仍然可能显得不合理。此时，你可以与公司协商或寻求法律援助来维护自己的权益。