核心结论：针对只签了一家合同但两家公司发工资的情况，劳动仲裁的赔偿需根据两家公司之间的实际关系来确定，可能存在两种情形，以下分情况说明：

1. 两家公司为关联企业，存在混同用工

   • 赔偿原则：若两家公司存在关联关系，如母子公司、总分机构等，且在实际用工过程中存在混同用工的情形（例如，员工的工作安排、工资发放、社保缴纳等由两家公司共同参与或交替进行），那么这两家公司可能被视为一个整体用工主体。在这种情况下，员工可以要求两家公司共同承担劳动法上的责任，包括但不限于未签劳动合同的双倍工资差额（如果仅与其中一家签订了合同，但实际为两家工作）、加班费、经济补偿金或赔偿金等。
   • 具体赔偿：具体赔偿金额需根据员工的实际工作时间、工资水平、加班情况等因素，结合劳动法的相关规定来计算。例如，如果员工因公司违法解除劳动合同而申请仲裁，那么赔偿金可能包括经济补偿金的两倍（即2N，N为工作年限对应的经济补偿金月数）。

2. 两家公司为独立主体，存在委托代发工资等情形

   • 赔偿原则：如果两家公司实际上是独立的法律主体，且其中一家公司仅是受另一家委托代发工资（例如，因财务安排、税务优化等原因），而员工的实际劳动关系仅与其中一家公司存在，那么劳动仲裁的赔偿责任应由实际用工单位承担。
   • 具体赔偿：在这种情况下，员工应首先明确自己的实际劳动关系归属，然后向实际用工单位主张相应的劳动权益。如果代发工资的公司存在过错（如未按时足额发放工资、未依法缴纳社保等），且该过错与员工损失之间存在因果关系，员工也可以考虑向代发工资的公司主张相应的赔偿责任，但这通常需要额外的证据支持。

额外建议：

• 在申请劳动仲裁前，建议员工先收集并整理好相关证据，如劳动合同、工资发放记录、工作证、考勤记录等，以证明自己的劳动关系及工作情况。
• 如果对两家公司之间的关系存在疑问，可以尝试通过查询企业信用信息公示系统、询问公司人事或财务人员等方式来获取更多信息。
• 劳动仲裁是一个相对复杂的法律程序，建议员工在申请前充分了解相关法律法规及程序要求，必要时可以寻求专业律师的帮助。

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