结论：雇主责任险中，若员工未取得高空作业资格证而从事高空作业并发生事故，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于保险合同的具体条款、事故原因及法律对免责条款效力的认定。

1. 若保险合同明确将“无高空作业资格证”列为免责情形，且保险公司已尽到提示说明义务，则保险公司可能拒赔
   根据《保险法》第十七条，保险公司对免责条款需以书面或口头形式向投保人明确说明，否则该条款不生效。若保险合同中明确约定“员工未取得高空作业资格证从事高空作业导致的事故，保险公司不承担赔偿责任”，且雇主在投保时已收到保险公司的明确提示（如加粗字体、单独签署确认书等），则保险公司有权依据该条款拒赔。
   实务建议：雇主在投保时应仔细阅读合同条款，尤其关注免责部分；若保险公司未尽到提示说明义务，可主张该条款无效。

2. 若保险合同未明确约定“无证作业”为免责情形，或保险公司未尽到提示说明义务，则保险公司仍需赔偿
   若合同中未将“无高空作业资格证”列为免责事由，或保险公司未对免责条款进行显著提示（如未加粗、未单独说明），则根据《保险法》第十九条，该免责条款可能被认定为无效，保险公司仍需承担赔偿责任。
   实务建议：雇主可要求保险公司提供投保时的提示说明证据（如录音、签字确认书等）；若无法提供，可主张免责条款不生效。

3. 若事故发生与“无证作业”无直接因果关系，保险公司仍需赔偿
   即使员工无高空作业资格证，若事故发生的原因与资格证无关（如设备故障、第三方碰撞等），保险公司仍需承担赔偿责任。因为保险赔偿的核心是“事故与保险标的的关联性”，而非员工是否具备特定资质。
   实务建议：雇主需收集事故现场证据（如监控录像、设备检测报告等），证明事故与“无证作业”无直接因果关系。

4. 若员工故意隐瞒无证情况或雇主明知员工无证仍安排作业，可能影响赔偿结果
   若员工在投保时故意隐瞒无证情况，或雇主明知员工无证仍安排其从事高空作业，可能构成“重大过失”或“故意行为”。根据《保险法》及相关司法解释，保险公司可能以此为由减少赔偿或拒赔。
   实务建议：雇主应建立严格的资质审核制度，避免安排无证员工从事高危作业；若已发生事故，需证明自身无过错（如已要求员工考证但未及时取得等）。

总结：雇主责任险中“无高空作业资格证”是否影响赔偿，需结合合同条款、保险公司提示义务、事故原因及双方过错程度综合判断。建议雇主在投保时明确合同条款，事故发生后及时收集证据，必要时咨询专业律师以维护权益。