公司以违反规章制度扣钱，员工可按以下步骤处理：
核查公司规章制度的合法性
首先需确认公司扣钱的依据——规章制度是否合法有效。根据《劳动合同法》第四条，规章制度需满足三个条件：
- 民主程序制定：需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定；
- 内容合法：不得违反法律强制性规定（如最低工资标准、加班费支付等）；
- 公示告知：需通过培训、签字、邮件等方式向员工明确告知。
若规章制度未满足上述条件，公司以此扣钱可能构成违法，员工可主张返还。
核实扣钱行为是否合理
即使规章制度合法，扣钱也需符合以下原则：
- 比例原则：扣款金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准（《工资支付暂行规定》第十六条）；
- 因果关系：扣钱需与员工违规行为直接相关（如因迟到扣钱需明确迟到与损失的关联性）；
- 证据充分：公司需提供员工违规的证据（如监控录像、书面记录等），否则员工可拒绝扣款。
若公司扣钱超出法定比例或缺乏证据，员工可要求补发工资。
协商与投诉途径
- 内部协商：优先与公司HR或上级沟通，要求出具书面扣款通知并说明依据；
- 劳动监察投诉：若协商无果，可向当地劳动保障监察大队投诉（需提供劳动合同、工资条、扣款通知等证据）；
- 劳动仲裁：对处理结果不满的，可在1年内申请劳动仲裁，主张返还违法扣款及可能的赔偿金。
特殊情形处理
- 未签劳动合同：若公司未签书面合同，员工可同时主张未签合同的双倍工资差额（《劳动合同法》第八十二条）；
- 被迫离职：若公司以扣钱逼迫离职，员工可主张经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
行动建议：
- 立即收集证据（如工资条、考勤记录、规章制度文本、沟通记录等）；
- 书面要求公司说明扣款依据及计算方式；
- 根据公司反应选择协商、投诉或仲裁，必要时可委托律师介入。
如有进一步细节需要分析（如扣款金额、规章制度内容等），可直接向我咨询，我会结合具体情形提供针对性建议。