公司以违规规章制度为由进行罚款的处理方式需分情况讨论，核心结论如下：

1. 公司罚款的合法性边界
   根据《劳动合同法》及《工资支付暂行规定》，用人单位无权直接对员工进行罚款。企业规章制度中若设定罚款条款，可能因违反法律强制性规定而被认定无效。但需注意两种例外情形：

   • 经济损失赔偿：若员工违规行为导致公司直接经济损失（如故意损坏设备、泄露商业秘密），公司可依据《工资支付暂行规定》第16条，在员工工资中按月扣除赔偿，但每月扣除部分不得超过当月工资的20%，且扣除后工资不得低于当地最低工资标准。
     
   • 绩效考核扣分：若公司通过绩效考核制度间接调整工资（如将违规行为纳入考核指标，影响绩效工资比例），需满足以下条件：
     
     • 规章制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论）；
       
     • 内容合法且向员工公示；
       
     • 扣分标准与违规行为严重程度匹配。

2. 员工应对策略

   • 核查制度合法性：要求公司出示规章制度文本，重点检查：
     
     • 是否经过民主协商程序（如会议记录、员工签字）；
       
     • 是否包含“罚款”等违法表述；
       
     • 扣款金额是否超出法定比例（如单次扣款超过月工资20%）。
       
   • 证据固定：保留工资条、扣款通知、违规行为记录等材料，若公司无法证明损失与违规行为的因果关系，可主张扣款违法。
     
   • 维权途径：
     
     • 向劳动监察大队投诉（时效2年内）；
       
     • 申请劳动仲裁（需在纠纷发生后1年内提出），主张返还违法扣款并赔偿利息损失。

3. 公司合规建议

   • 修订制度：将“罚款”改为“违约金”或“损失赔偿”，并明确计算方式（如按实际损失比例分摊）；
     
   • 程序合规：通过培训、考试等方式确保员工知晓制度内容，保留签字确认记录；
     
   • 替代措施：采用警告、记过、调岗等非经济处罚方式，或通过绩效工资浮动实现管理目的。

典型案例参考：
某公司以员工迟到为由每月扣款500元，法院判决认定：公司制度未经民主程序且扣款比例过高，需返还违法扣款并支付赔偿金（《最高人民法院公报》2021年第3期）。

如有具体扣款情形或制度条款需要分析，可进一步提供细节，我将结合地方性法规给出针对性建议。