当公司制度出现违法情形时，这是一个需要严肃对待并妥善处理的问题，它不仅关乎员工的切身利益，也影响公司的合规运营和市场声誉。以下是从多个角度给出的详细处理建议：
一、明确违法情形
首先，要确切识别公司制度中哪些部分违反了法律法规。这可能涉及劳动法、安全生产法、环境保护法等多个领域。例如，未依法支付劳动报酬、强迫加班、限制员工人身自由、侮辱或体罚员工、扣押身份证件等，都是常见的违法情形。
二、劳动者应对措施
收集证据：
- 保留与公司制度相关的所有文件、通知、邮件等书面证据。
- 记录违法行为的具体时间、地点、涉及人员等详细信息。
- 如有可能，获取证人证言或录音录像等辅助证据。
与公司沟通：
- 尝试通过正式渠道，如人力资源部门或管理层，反映问题并寻求解决方案。
- 在沟通过程中，保持冷静和理性，避免情绪化表达，以便更有效地推动问题解决。
向相关部门投诉举报：
- 如果公司内部无法解决问题，可以向当地劳动监察部门、工会或其他相关机构投诉举报。
- 提供详细的证据材料，说明公司制度的违法之处及对自己造成的影响。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若投诉举报未能得到有效解决，可以考虑申请劳动仲裁或向人民法院提起诉讼。
- 在此过程中，建议咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到充分保障。
解除劳动合同并索赔：
- 根据相关法律法规，如果用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益，劳动者有权解除劳动合同。
- 同时，劳动者还有权要求用人单位按照法律规定支付经济补偿金等赔偿。
三、公司应对措施
立即停止违法行为：
- 一旦发现公司制度存在违法情形，应立即停止执行相关条款。
- 对已经造成的损害进行补救和赔偿，以减轻不良影响。
修订完善公司制度：
- 对公司制度进行全面审查，确保所有条款均符合法律法规的要求。
- 征求员工意见，增强制度的合法性和合理性，提高员工的接受度和遵守度。
加强内部培训和教育：
- 提高管理层和员工的法律意识，确保公司运营活动合法合规。
- 定期开展法律知识培训，增强员工的自我保护能力，预防类似问题的再次发生。
配合相关部门的调查和处理：
- 如接到劳动监察部门或其他相关机构的调查通知，应积极配合并提供必要的证据材料。
- 对调查结果表示尊重，并按照要求进行整改，以展现公司的合规意愿和责任感。
四、其他监管机构介入与公众监督
- 除了劳动行政部门外，税务部门、工商行政部门、证监会等也可能根据公司违法行为的性质介入调查，并根据调查结果进行相应的处罚。
- 媒体和社会公众的监督也是重要力量。通过曝光公司违法行为，可以促使公司改正错误并引起监管机构关注，从而推动问题的更快解决。
综上所述，处理公司制度违法问题需要劳动者、公司和监管机构等多方面的共同努力。通过明确违法情形、采取适当的应对措施、加强内部管理和配合外部监管，可以确保公司守法经营，维护市场秩序和公共利益。