制度程序违法，通常的处理方式取决于违法主体、违法情形及造成的后果，具体处理方式如下：
内部纠正与补救：
- 若制度程序违法发生在组织内部（如企业、学校、社团等），首先应通过内部机制进行纠正。这可能包括召开相关会议，重新审议并修改违法程序，确保其符合法律法规要求。
- 同时，对于因违法程序已经造成的损害，应积极采取补救措施，如赔偿损失、恢复名誉等，以减轻或消除不良影响。
行政复议或行政诉讼：
- 如果制度程序违法涉及行政机关的行为，如行政处罚、行政许可等，相关当事人可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。
- 行政复议是向作出具体行政行为的行政机关的上一级机关提出申请，要求复议机关对原行政行为的合法性进行审查并作出决定。
- 行政诉讼则是直接向人民法院提起诉讼，由法院对行政行为的合法性进行司法审查。
法律责任追究：
- 对于制度程序违法的责任主体，根据违法情节的严重程度，可能面临行政责任、民事责任甚至刑事责任的追究。
- 行政责任可能包括警告、罚款、没收违法所得、责令停产停业、吊销许可证等。
- 民事责任则主要涉及赔偿损失、恢复原状等。
- 若违法情节严重，构成犯罪的，还将依法追究刑事责任。
监督与举报：
- 任何单位和个人都有权对违法的制度程序进行监督，并向有关部门举报。
- 监督部门在接到举报后，应依法进行调查处理，并将处理结果告知举报人。
在处理制度程序违法问题时，还需注意以下几点：
- 及时性：一旦发现制度程序违法，应尽快采取措施进行纠正，以避免损失扩大或不良影响加剧。
- 合法性：在纠正违法程序或追究责任时，必须严格遵守法律法规的规定，确保处理过程的合法性和正当性。
- 公正性：处理制度程序违法问题应坚持公正原则，不偏袒任何一方，确保处理结果的公正性和合理性。
如果您在处理制度程序违法问题时遇到任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。