当您发现公司的规章制度存在不合法的情况时，可以采取以下步骤来处理：

一、明确规章制度的不合法性

首先，您需要仔细审查公司的规章制度，并与相关的法律法规进行比对，确保您所认为的不合法之处确实存在。这可能涉及到劳动法、劳动合同法、以及其他相关的行政法规和地方性法规。

二、与用人单位沟通

在确认规章制度确实存在不合法之处后，建议您首先尝试与用人单位的法务部门或人力资源部门进行沟通。您可以提出您的疑虑和担忧，并指出规章制度中具体哪些条款可能违反了法律法规。通过沟通，用人单位可能会意识到问题并主动进行修正。

三、向劳动行政部门举报

如果与用人单位的沟通没有结果，或者您认为规章制度的不合法性对您的权益造成了损害，您可以向当地的劳动行政部门进行举报。劳动行政部门会对举报进行调查，并在确认规章制度存在不合法之处后，责令用人单位进行改正，并可能给予警告或处罚。

四、寻求法律援助或提起诉讼

如果劳动行政部门的处理结果不能令您满意，或者您的权益受到了严重损害，您可以寻求法律援助或向法院提起诉讼。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明规章制度的不合法性以及它对您权益的损害。如果法院认定规章制度确实存在不合法之处，并给您的权益造成了损害，您可能会获得相应的赔偿。

五、了解企业规章制度的合理性标准

为了更好地维护自己的权益，您还可以了解企业规章制度的合理性标准。一个合理的规章制度应该符合以下要求：

1. 内容合法：规章制度的内容必须遵守法律法规的规定，不得违反法律、法规的强制性规定。
2. 程序合法：规章制度的制定必须遵守法律规定的程序，如经过职工代表大会或全体职工讨论、与工会或职工代表平等协商确定等。
3. 不违反劳动合同和集体合同：规章制度不得违反劳动合同和集体合同的约定，不能通过规章制度单方面变更劳动合同的设定。
4. 不违反公序良俗：规章制度的内容不得违反公共秩序和善良风俗。
5. 向劳动者公示：规章制度必须向劳动者进行公示，未经公示的规章制度对劳动者不具有约束力。

综上所述，当您发现公司的规章制度存在不合法的情况时，您可以通过与用人单位沟通、向劳动行政部门举报、寻求法律援助或提起诉讼等方式来维护自己的权益。同时，了解企业规章制度的合理性标准也有助于您更好地判断规章制度是否合法以及如何应对。