若公司制度存在不合法情形但已签订，该制度并不因此产生法律效力，员工可通过协商、投诉或诉讼等途径维权。具体分析如下：

1. 公司制度不合法的法律效力
   根据《劳动合同法》第四条及第八十条，用人单位制定的规章制度必须符合法律、行政法规及政策规定，且需通过民主程序（如职工代表大会讨论）与公示程序（如员工签收确认）方能生效。若制度内容违法（如要求员工承担违法罚款、违反最低工资标准等），即使员工签字，该条款也因违反法律强制性规定而无效，对员工不产生约束力。

2. 员工维权路径

   • 内部协商：可先与公司人力资源部门或管理层沟通，指出制度违法点并要求修正。
     
   • 行政投诉：向当地劳动监察大队举报（如拨打12333），要求查处公司违法行为并责令整改。
     
   • 劳动仲裁/诉讼：若公司拒不改正且损害员工权益（如克扣工资、强制加班），可申请劳动仲裁或向法院起诉，主张制度无效并要求赔偿损失。
     

3. 员工签字行为的法律后果
   员工签字仅代表“知晓”制度内容，不意味着认可其合法性。若公司以违法制度处罚员工（如开除、降薪），员工可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿金（N倍月工资）。

建议：保留制度文本、签字记录及公司执行违法制度的证据（如工资条、处罚通知），以便维权时使用。若遇具体问题，可进一步提供细节，我将结合案例为您分析应对策略。