请假两天扣一千块钱是否合法，需结合具体情况判断。以下从法律角度和公司制度角度为你详细分析：
一、法律角度
法定扣除标准
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位在劳动者请事假期间可以不支付工资，但不得克扣其他合法收入。这意味着，如果劳动者请的是事假，用人单位只能扣除请假期间的工资，而不能额外扣除其他费用。
- 如果是病假，用人单位应支付不低于当地最低工资标准80%的病假工资。因此，在病假情况下，扣除的金额也应受到相应限制。
不合理扣除情形
- 若用人单位以“旷工”等名义额外罚款或扣除高额费用（如超过日薪的合理倍数），则属于违法行为。例如，若劳动者日薪为300元，请假两天仅应扣除600元左右（按全额日薪计算），若扣除一千元，则可能超出了合理范围，属于违法行为。
- 计算公式：假设日薪为X元，请假天数为Y天，则合理扣除金额应为X×Y元。若实际扣除金额大于X×Y元，则可能违法。
二、公司制度角度
内部规章制度
- 用人单位可通过民主程序制定考勤与薪酬制度，明确请假扣款规则。这意味着，如果公司制度中明确规定了请假扣款的金额或比例，且该制度经过了民主程序制定并公示，那么按照制度执行扣款可能是合法的。
- 例如，某公司规定事假按日薪2倍扣除，若日薪500元，两天请假扣款可达1000元，此属公司自主管理范畴，但需确保该制度符合法定标准，且已向劳动者公示。
制度合法性要求
- 制度内容不得违反法律法规强制性规定，且需向劳动者公示。如果公司制度中的扣款规定违反了法律法规，或者未向劳动者公示，那么该制度可能无效，用人单位不能依据该制度进行扣款。
- 若制度未明确扣款标准或存在歧义，劳动者可主张异议，并要求用人单位按照法定标准或合理标准进行扣款。
三、综合判断与建议
关键考量因素
- 扣款依据：是否基于法定标准或合法有效的公司制度。如果扣款依据不明确或违法，那么扣款行为可能不合法。
- 扣款金额：是否与劳动者实际损失（如工作延误成本）相匹配。如果扣款金额过高，超出了劳动者的实际损失，那么可能构成不合理扣款。
- 程序正当性：扣款前是否履行告知义务，是否提供申诉渠道。如果用人单位在扣款前未告知劳动者或未提供申诉渠道，那么扣款行为可能违反程序正当性原则。
建议
- 如果你认为用人单位的扣款行为不合法或不合理，可以先与用人单位进行协商，要求其按照法定标准或合理标准进行扣款。
- 如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
总结来说，请假两天扣一千块钱是否合法，取决于扣款依据、扣款金额以及程序正当性等多个因素。如果你对此有疑问或认为用人单位的扣款行为不合法，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。