行政处罚案件调查过程中当事人起诉到法院，一般不能直接中止调查，但存在特定情形时可能中止。具体分析如下：
行政处罚调查的独立性原则
行政机关对违法行为的调查具有独立性，其程序启动、推进及终结通常不受当事人另行提起民事诉讼或行政诉讼的直接影响。根据《行政处罚法》第五十七条，调查终结后行政机关需对调查结果进行审查，并依法作出决定。这意味着调查程序本身不因当事人起诉而自动中止，行政机关仍需完成证据收集、事实认定等核心工作。
可能中止调查的法定情形
若当事人起诉的事项与行政处罚调查存在直接关联，且符合《行政处罚法》或《行政诉讼法》中关于程序中止的规定，调查可能被暂停。例如：
- 诉讼标的直接影响处罚合法性：若当事人起诉要求撤销行政机关作出处罚的依据（如规范性文件），且该依据的合法性是处罚决定的关键前提，此时调查可能因“主要证据不足”或“法律依据存疑”而中止，待法院对依据的合法性作出裁判后再恢复。
- 诉讼涉及关键事实认定：若当事人起诉的民事案件或行政案件结果直接影响行政处罚调查中关键事实的认定（如责任主体、违法行为性质），行政机关可能根据《行政处罚法》第三十六条“先行登记保存证据需在7日内作出处理决定”的例外情形，或依据《行政诉讼法》第六十一条“行政诉讼与民事诉讼交叉时中止诉讼”的类推原则，申请中止调查。
- 行政机关主动申请中止：若行政机关认为继续调查可能导致程序冲突或资源浪费（如当事人已就同一事实提起确认无效之诉），可依据《行政处罚法》的立法精神，结合具体案件情况，向上级机关或法院申请中止调查，但需提供充分理由。
实践中行政机关的常见处理方式
多数情况下，行政机关会继续推进调查程序，并在处罚决定中回应当事人的诉讼主张。例如：
- 若当事人起诉的是与处罚无关的民事纠纷（如侵权赔偿），行政机关通常不会中止调查，而是依据调查结果独立作出处罚决定，当事人可通过行政复议或行政诉讼救济。
- 若当事人起诉的是行政机关的处罚程序违法（如未告知听证权利），行政机关可能暂停处罚决定的作出，但调查程序本身（如证据收集）仍可能继续，以避免因程序瑕疵导致处罚被撤销。
建议：若您作为当事人面临此类情况，需结合具体案件分析诉讼与调查的关联性。例如，若您起诉的是行政机关作出处罚的依据（如某项规章），可向行政机关提交中止调查申请，并附上法院受理通知书；若您起诉的是与处罚无关的民事纠纷，则需重点准备行政处罚阶段的证据，以应对后续可能的复议或诉讼。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件情况。