针对您提出的“劳动者提出离职申请，单位批准在两个月后才离职，劳动关系解除应如何认定”的问题，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条的规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这是劳动者单方解除劳动合同的法定权利，用人单位应当予以尊重并配合办理相关离职手续。
二、劳动关系解除的认定
劳动者提出离职申请：劳动者在符合法律规定的情况下，有权向用人单位提出离职申请。这是劳动者行使职业选择自由的表现。
用人单位的答复期限：用人单位在收到劳动者的离职申请后，应当在合理期限内（通常为三十日内）作出明确答复。如果用人单位未在规定期限内答复，或者答复内容不明确，导致劳动者无法确定离职时间，那么劳动者的离职申请在三十日后应视为有效，即劳动关系在三十日后解除。
单位批准两个月后离职的合法性：如果用人单位在劳动者提出离职申请后，未经劳动者同意，擅自将离职时间延长至两个月后，这违反了《劳动合同法》第三十七条的规定。因为该条款明确规定了劳动者提前三十日通知即可解除劳动合同，用人单位无权单方面延长离职时间。
劳动关系解除的认定标准：在判断劳动关系是否解除时，应重点考虑劳动者是否已按照法律规定提前通知用人单位，以及用人单位是否在规定期限内作出明确答复。如果劳动者已履行通知义务，且用人单位未在规定期限内答复或答复内容不明确，那么劳动关系在三十日后应视为已解除。
三、实际案例分析
以您提供的案例为例，劳动者陶遵旨提前30天向公司提交了辞职申请书，但公司未在30日内作出明确答复，而是在两个月后突然通知其离职。在这种情况下，由于公司未能在规定期限内答复劳动者，且劳动者继续在公司工作并领取劳动报酬，因此应视为劳动者的辞职申请已作废，双方已就继续履行原劳动合同协商一致。公司后来无正当理由解除合同，构成违法解除，应当支付劳动者违法解除劳动合同赔偿金等费用。
四、建议
劳动者：在提出离职申请时，应确保以书面形式通知用人单位，并保留好相关证据。如果用人单位未在规定期限内答复或答复内容不明确，可以及时与用人单位沟通确认离职时间，或者向劳动争议仲裁机构申请仲裁以维护自己的合法权益。
用人单位：在收到劳动者的离职申请后，应及时作出明确答复，并按照法律规定办理相关离职手续。如果确实需要延长离职时间，应与劳动者协商一致并签订书面协议，以避免不必要的法律纠纷。
综上所述，劳动关系解除的认定应基于劳动者是否已按照法律规定提前通知用人单位以及用人单位是否在规定期限内作出明确答复。如果用人单位擅自延长离职时间，则构成违法解除劳动合同，应承担相应的法律责任。