结论：工厂在员工离职时扣除20%的工资是否合理，需根据具体情况判断，若工厂无法证明扣款合法依据，则不合理。以下从不同角度详细分析：
一、法律对工资扣除的明确限制
根据《工资支付暂行规定》第十六条，工厂仅在两种情形下可扣除工资：
员工造成经济损失：需同时满足三个条件：
- 员工存在故意或重大过失；
- 损失与员工行为存在直接因果关系；
- 每月扣款不得超过工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
示例：若员工因操作失误导致工厂设备损坏，工厂可要求赔偿，但每月扣款上限为工资的20%。
法定代扣情形：如个人所得税、社保个人缴纳部分、法院判决的抚养费等，工厂可依法扣除，但无需员工同意。
若工厂扣款不符合上述情形（如以“培训费”“违约金”等名义扣款），则属于违法行为。
二、常见不合理扣款情形
- 未签订书面协议：若工厂以“未提前通知离职”为由扣款，但未与员工签订书面劳动合同约定违约金，或约定违反《劳动合同法》第二十五条（仅允许约定服务期违约金和竞业限制违约金），则扣款无效。
- 扣款比例超标：即使员工造成经济损失，若工厂单月扣款超过工资的20%，或扣除后工资低于最低工资标准，超出部分无效。
- 无证据支持损失：工厂需提供损失金额、员工过错等证据，否则扣款缺乏依据。
三、员工维权步骤
收集证据：
- 工资条、银行流水（证明实际扣款金额）；
- 劳动合同、工厂规章制度（证明扣款依据是否合法）；
- 损失证据（如工厂主张员工造成损失，需提供维修发票、事故报告等）。
协商解决：与工厂沟通，要求说明扣款理由并提供证据。
投诉举报：向当地劳动监察大队投诉（电话：12333），或申请劳动仲裁（需在离职后1年内提出）。
四、法律后果
若工厂违法扣款，需承担：
- 补发工资：返还被扣款项；
- 赔偿金：若扣款导致员工生活困难，可主张额外赔偿；
- 行政处罚：劳动部门可责令工厂改正，并处以罚款。
建议：若您遇到此类情况，可先与工厂协商，若协商无果，可携带相关证据向我咨询，我将帮您分析具体情形并制定维权方案。