结论：在厂里上班，签了合同但未做满三个月，工厂是否可以扣除百分之二十的工资，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要根据具体情况和合同条款来判断。

分析如下：

1. 合同条款的约定：

   • 首先，需要查看劳动合同中是否有关于未做满一定期限（如三个月）时工资扣除的明确约定。如果合同中有这样的条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么工厂按照合同约定扣除工资可能是合法的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。如果合同中的扣除工资条款是双方协商一致的结果，且不违反法律法规，那么该条款是有效的。

2. 法律法规的限制：

   • 即使合同中有扣除工资的条款，也需要确保该条款不违反法律法规的强制性规定。例如，根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果扣除工资的比例过高，或者扣除工资的理由不充分，可能构成违法克扣工资。
   • 具体限制：一般来说，用人单位因劳动者原因造成经济损失需要赔偿的，可以从劳动者工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。但这一规定并不直接适用于所有未做满合同期限的情况，除非合同中有明确约定且符合法律法规。

3. 实际操作中的合理性：

   • 除了合同条款和法律法规的约束外，还需要考虑实际操作中的合理性。如果工厂因为劳动者未做满三个月就扣除百分之二十的工资，而这一扣除比例过高或者没有合理的解释和依据，那么这种做法可能引发劳动者的不满和争议。
   • 建议：在这种情况下，劳动者可以与工厂进行协商，寻求合理的解决方案。如果协商无果，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总结与建议：

• 如果劳动合同中有明确约定未做满三个月扣除百分之二十工资的条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么工厂按照合同约定扣除工资可能是合法的。
• 如果合同中没有这样的约定，或者约定违反了法律法规的强制性规定，那么工厂无权扣除劳动者的工资。
• 在实际操作中，工厂应合理确定扣除工资的比例和理由，避免引发劳动者的不满和争议。
• 如果劳动者对工厂的扣除工资行为有异议，可以与工厂进行协商或者向当地的劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

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