结论先行：工厂在合同中约定“做三个月没做到扣工资”的条款，很可能因违反法律规定而无效，工厂不能据此扣减工资。以下从多个角度进行分析：
一、合同条款的合法性分析
工资扣减的法定原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得随意扣减。只有在劳动者违反规章制度、造成经济损失等特定情况下，用人单位才能依法扣减工资，且扣减比例和程序需严格遵守法律规定。
合同条款的效力：
- 工厂在合同中约定的“做三个月没做到扣工资”条款，属于对劳动者工资的随意扣减，违反了工资支付的法定原则。此类条款很可能被认定为无效，因为它们剥夺了劳动者依法获得劳动报酬的权利，且未遵循法律规定的扣减条件和程序。
二、工厂可能面临的法律后果
支付全额工资：
- 如果工厂依据该无效条款扣减了劳动者的工资，劳动者有权要求工厂支付全额工资，包括被扣减的部分。工厂若拒绝支付，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
行政处罚与赔偿：
- 工厂因违法扣减工资还可能面临劳动监察部门的行政处罚，如罚款、责令改正等。同时，如果因扣减工资给劳动者造成损失的，工厂还需承担赔偿责任。
三、劳动者的应对策略
保留证据：
- 劳动者应保留好与工厂签订的劳动合同、工资条、考勤记录等证据，以便在发生纠纷时证明自己的权益。
协商与投诉：
- 劳动者可以先与工厂协商，要求支付被扣减的工资。如果协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
法律途径：
- 如果劳动监察部门或劳动仲裁机构未能有效解决问题，劳动者还可以向法院提起诉讼，要求工厂支付工资及可能的赔偿。
四、特殊情况说明
- 劳动者违约与赔偿：虽然工厂不能随意扣减工资，但如果劳动者确实存在违约行为（如未提前通知离职、违反保密义务等），且给工厂造成了经济损失，工厂可以依据法律规定和合同约定要求劳动者承担赔偿责任。但这种赔偿与工资扣减是两个不同的法律概念，不能混为一谈。
总结与建议：工厂在合同中约定“做三个月没做到扣工资”的条款是违法的，无效且不能执行。劳动者在遇到此类情况时，应保留好相关证据，通过协商、投诉或法律途径维护自己的合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。