结论：公司未按上级文件要求少发证书补贴，您完全可以通过劳动仲裁来请求补发该补贴。以下是我为您提供的详细分析和建议：
一、法律分析
劳动合同与规章制度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同或公司的规章制度中明确规定了证书补贴的发放标准和条件，那么公司就有义务按照这些规定来执行。
- 如果公司上级文件（如内部通知、政策等）也明确了证书补贴的发放要求，且这些文件在公司内部具有普遍约束力，那么公司同样需要遵守。
劳动仲裁的适用性：
- 当您认为公司未按照劳动合同、规章制度或上级文件的要求发放证书补贴时，您有权向劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁，要求公司补发该补贴。
- 劳动仲裁是解决劳动争议的一种有效方式，其裁决具有法律效力，双方都需要遵守。
二、建议与操作
收集证据：
- 在提起劳动仲裁前，您需要收集相关证据来证明公司未按照要求发放证书补贴。这些证据可以包括劳动合同、公司规章制度、上级文件、工资条、银行转账记录等。
- 特别是要保留好那些能够直接证明公司少发或未发证书补贴的证据，如工资条上的补贴项目缺失、银行转账记录中未显示补贴金额等。
与公司协商：
- 在提起劳动仲裁前，您可以尝试与公司进行协商，看是否能够通过友好方式解决争议。协商时，您可以明确提出公司未按照要求发放证书补贴的事实，并要求公司补发。
- 如果协商成功，您可以与公司签订书面协议，明确补发补贴的金额和时间等细节。
提起劳动仲裁：
- 如果协商无果，您可以向当地的劳动争议仲裁委员会提起劳动仲裁。在提起仲裁时，您需要提交仲裁申请书和相关证据材料。
- 仲裁申请书应明确您的仲裁请求（即要求公司补发证书补贴）、事实和理由等。
参与仲裁过程：
- 在仲裁过程中，您需要积极参与，按照仲裁委员会的要求提供证据、陈述事实和理由等。
- 您也可以委托律师代理您参与仲裁过程，以更好地维护您的合法权益。
三、可能的结果与后续行动
仲裁裁决：
- 如果仲裁委员会认定公司确实未按照要求发放证书补贴，那么它会作出裁决，要求公司补发该补贴。
- 裁决具有法律效力，公司需要在规定的时间内履行裁决义务。
执行裁决：
- 如果公司未在规定的时间内履行裁决义务，您可以向人民法院申请强制执行。
- 人民法院会依法对公司的财产进行查封、扣押或拍卖等措施，以强制公司履行裁决义务。
后续维权：
- 如果您在仲裁或执行过程中遇到任何问题或困难，您可以随时向我咨询或寻求法律帮助。
- 我也会根据您的具体情况和需要，为您提供更详细的法律建议和维权方案。
最后，我希望您能够顺利解决这个问题，并维护好自己的合法权益。如果您在过程中有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。