核心结论：员工工作20天后擅自离职，用人单位仍需支付其实际工作期间的工资，但可依据规章制度或劳动合同约定扣除部分费用（如有合法依据），同时可要求员工赔偿因擅自离职造成的损失（需举证）。以下是具体分析：

1. 工资支付义务不可免除

根据《工资支付暂行规定》第九条及《劳动合同法》第三十条，劳动关系存续期间，用人单位必须按照实际工作天数支付工资，无论员工是否提前通知离职。

• 计算方式：日工资=月工资÷21.75（法定月计薪天数），实际应发工资=日工资×20天。
  
• 例外情形：若员工存在故意损坏财物、泄露商业秘密等行为导致用人单位直接损失，用人单位可主张赔偿，但需与工资支付分开处理（不能直接扣减工资，需通过劳动仲裁或诉讼主张）。

2. 用人单位可主张的合法扣减项

若员工擅自离职违反了以下情形，用人单位可依法扣减部分费用（需满足前提条件）：

• 规章制度约定：用人单位需证明规章制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论）、已向员工公示（如签字确认），且扣减条款不违反法律强制性规定（如扣减后工资不得低于当地最低工资标准）。
  
• 劳动合同约定：若劳动合同中明确约定“员工未提前30日通知离职需支付违约金”，该条款因违反《劳动合同法》第二十五条而无效（仅服务期违约金和竞业限制违约金合法）。
  
• 实际损失举证：用人单位需证明员工擅自离职导致直接经济损失（如临时招聘费用、项目延误赔偿等），且损失金额需合理、与离职行为存在直接因果关系。

3. 实务操作建议

• 对用人单位：
  
  1. 立即与员工书面确认离职时间及未交接事项，要求其签署《离职交接单》；
     
  2. 保留员工擅自离职的证据（如考勤记录、工作交接记录、客户投诉记录等）；
     
  3. 若需主张赔偿，应在员工离职后1年内申请劳动仲裁，并提交损失计算依据（如合同、发票、第三方索赔函等）。
     
• 对员工：
  
  1. 擅自离职可能影响未来求职背景调查，建议提前与用人单位协商离职；
     
  2. 若用人单位拒付工资，可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁，主张工资及可能的经济补偿（如用人单位存在未签劳动合同、未缴社保等违法行为）。

总结：员工擅自离职不影响其获得20天工资的权利，但用人单位可通过合法途径主张赔偿。具体操作需结合证据和当地司法实践，如有疑问可进一步向我咨询细节。