结论：公司擅自将加薪部分放入基本工资后又拆分放入综合补助的做法，是否合法需分情况讨论，关键在于是否违反了劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。
分析如下：
劳动合同的约定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。劳动合同一旦签订，双方都应严格遵守。
- 如果劳动合同中明确规定了工资的构成，包括基本工资和各项补助等，那么用人单位在未经劳动者同意的情况下，擅自改变工资构成，将加薪部分从基本工资中拆分并放入综合补助，可能构成违约。
工资支付的合法性：
- 工资支付应当遵循诚实信用原则，用人单位不得以欺诈、胁迫等手段变更工资支付方式或金额。
- 如果公司拆分工资构成是为了规避法律义务（如减少社保缴纳基数、逃避个税等），则这种行为不仅违法，还可能损害劳动者的合法权益。
综合补助的性质：
- 综合补助通常是为了补偿劳动者因特定工作条件或额外工作负担而给予的额外报酬。如果公司将加薪部分以综合补助的形式发放，但并未改变劳动者实际的工作条件或负担，且综合补助的发放并不稳定或具有不确定性，那么这种做法可能损害劳动者的利益。
- 另一方面，如果综合补助的发放与劳动者的工作表现、公司业绩等因素挂钩，且双方对此有明确的约定，那么这种拆分方式可能在一定程度上是合法的。但即便如此，用人单位也应确保劳动者的总收入不低于原劳动合同约定的标准。
建议：
- 与用人单位沟通：首先，你可以尝试与用人单位沟通，了解他们为何要这样拆分工资构成，并表达你的担忧和不满。如果用人单位能够给出合理的解释，并且确保你的总收入不受影响，那么你可以考虑接受这种拆分方式。
- 审查劳动合同：仔细审查你的劳动合同，看看是否有关于工资构成的明确约定。如果用人单位违反了劳动合同的约定，你可以依据合同条款与用人单位协商解决，或者向劳动监察部门投诉。
- 寻求法律援助：如果与用人单位的沟通无果，或者你认为用人单位的行为严重损害了你的合法权益，你可以考虑寻求法律援助。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律咨询和代理服务，帮助你维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果用人单位的行为被认定为违法，他们可能需要承担补发工资、支付经济补偿金等法律责任。
- 同时，这种行为也可能影响用人单位的声誉和劳动关系稳定性，导致员工流失和招聘难度增加等后果。
总之，公司擅自将加薪部分放入基本工资后又拆分放入综合补助的做法是否合法，取决于多种因素。如果你对此有疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供详细的法律建议。