结论：公司加工资先放在基本工资里，后又放在综合补助里，这一行为是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
合法情形
双方协商一致：
- 如果公司与员工就工资结构的调整进行了充分的协商，并达成了书面或口头的协议，且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么这种调整是合法的。
- 例如，公司因业务调整或经营需要，与员工协商将部分基本工资转为综合补助，员工同意并签署了相关协议，这种情况下，公司的行为是合法的。
符合公司规章制度：
- 如果公司的规章制度中明确规定了工资结构的调整方式和条件，且该规章制度已经过民主程序制定并公示，员工也已知悉并同意，那么公司按照规章制度进行工资结构调整也是合法的。
- 例如，公司规章制度中规定，根据员工的工作表现或公司业绩，可以调整工资结构，将部分基本工资转为综合补助，且这种调整是公平、合理的，那么公司的行为就是合法的。
非法情形
未与员工协商：
- 如果公司未经员工同意，单方面将工资从基本工资调整为综合补助，这种行为可能构成违法。
- 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。变更劳动合同，应当采用书面形式。如果公司未与员工协商就单方面调整工资结构，员工有权拒绝并要求公司按照原劳动合同履行。
降低员工实际收入：
- 如果公司将工资从基本工资调整为综合补助后，员工的实际收入（包括基本工资和综合补助的总和）低于原基本工资水平，或者低于当地最低工资标准，那么这种行为也是违法的。
- 最低工资标准是劳动者在法定工作时间或依法签订的劳动合同约定的工作时间内提供了正常劳动的前提下，用人单位依法应支付的最低劳动报酬。如果公司的调整导致员工收入低于这一标准，就违反了法律法规的强制性规定。
违反法律法规或劳动合同约定：
- 如果公司的调整行为违反了其他相关的法律法规或劳动合同中的约定，如未按照约定时间支付工资、未支付加班费等，那么这种行为也是违法的。
建议
- 对于员工：如果公司未经协商就单方面调整工资结构，或者调整后实际收入降低，员工可以与公司进行沟通协商，要求公司按照原劳动合同履行。如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司：在调整工资结构时，应确保与员工进行充分的协商，并达成书面协议。同时，应确保调整后的工资结构符合法律法规的强制性规定和劳动合同的约定，避免引发劳动纠纷。
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