公司用补助的方式发工资是否合法，需分情况讨论：

1. 若补助属于工资组成部分且明确约定：

   • 根据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资及特殊情况下支付的工资。若公司通过“补助”形式发放的款项，实质属于上述工资组成部分（如岗位津贴、交通补贴等），且劳动合同或规章制度中明确约定了补助的性质和金额，则这种发放方式是合法的。
   • 关键点：补助需与岗位、工作性质相关，且金额固定或可计算（如按出勤天数发放）。若补助是工资的合理补充，且双方无争议，法律不禁止。

2. 若补助用于替代基本工资或存在避税嫌疑：

   • 违法情形1：以补助替代基本工资。若公司通过发放补助的方式，变相降低基本工资（如将原本应计入基本工资的部分改为“补助”），导致员工实际收入减少，可能违反《劳动合同法》中关于“用人单位应及时足额支付劳动报酬”的规定。
   • 违法情形2：避税或逃避社保缴费。若公司将工资拆分为“基本工资+补助”，且补助部分不纳入个税申报或社保缴费基数，可能涉嫌偷逃税款或违反《社会保险法》中关于社保缴费基数的规定。
   • 关键点：补助的发放需符合税收和社保法规，不得损害员工合法权益。

3. 若补助属于福利性质且未约定为工资：

   • 若公司发放的补助属于福利性质（如节日补贴、年终奖励等），且未在劳动合同或规章制度中明确约定为工资组成部分，则这种发放方式通常合法，但需注意：
     • 福利补助的发放需公平合理，不得歧视特定员工；
     • 若公司单方面取消或降低福利补助，可能引发劳动争议（如员工主张福利属于“默示合同条款”）。

法律建议：

• 对员工：若发现公司通过补助形式变相降低工资或逃避社保缴费，可要求公司出具工资明细，并保留相关证据（如工资条、银行流水、劳动合同等）。若协商无果，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 对公司：若需通过补助形式发放工资，建议在劳动合同或规章制度中明确补助的性质、金额及发放条件，避免后续争议。同时，需确保补助的发放符合税收和社保法规。

总结：公司用补助的方式发工资是否合法，取决于补助的性质、金额及双方约定。若补助属于工资的合理补充且符合法规，则合法；若用于变相降低工资或逃避义务，则可能违法。如有具体疑问，可直接向我咨询。