公司把工资分为基本工资和加班费，这一做法本身并不直接违法，但关键在于加班费的计算基数是否合法。以下从不同角度进行详细分析：
一、加班费计算基数的合法性原则
劳动合同优先原则：
- 如果劳动合同中明确约定了工资数额，且该数额与实际发放的工资一致，那么加班费应以该约定的工资作为计算基数。这里的工资数额应理解为劳动者正常工作时间的总工资，而非仅指基本工资。
- 若劳动合同中的工资项目细分为“基本工资”、“岗位工资”、“职务工资”等，则应将各项工资的总和作为加班费的计算基数，以确保劳动者的合法权益不受损害。
实际工资原则：
- 在劳动合同未明确约定工资数额或约定不明确的情况下，应以劳动者的实际工资作为加班费的计算基数。实际工资包括用人单位直接支付给劳动者的工资、奖金、津贴、补贴等（但不含加班费、伙食补助和劳动保护补贴）。
- 如果公司仅将基本工资作为加班费的计算基数，而忽略了其他固定发放的货币性收入，如岗位津贴、绩效工资等，那么这种做法可能违法，因为它损害了劳动者获得足额劳动报酬的权益。
最低工资标准保障原则：
- 无论采用何种方式确定加班费的计算基数，该基数均不得低于当地最低工资标准。这是法律对劳动者工资权益的最低保障。
- 如果公司按照低于当地最低工资标准的金额来计算加班费，那么这种做法显然违法。
二、公司做法的合法性分析
- 合法情况：如果劳动合同中明确约定了加班费的计算基数为基本工资，且该约定不违反法律法规的强制性规定，同时不低于当地最低工资标准，那么这种做法在一定程度上是合法的。但需要注意的是，这种约定往往并非劳动者真实意愿的体现，可能存在显失公平的情况。
- 违法情况：如果公司未按照劳动合同约定或实际工资情况来计算加班费，而是单方面将加班费计算基数限定为基本工资，且该基数低于劳动者正常工作时间的总工资或当地最低工资标准，那么这种做法违法。它损害了劳动者获得足额劳动报酬的权益，违反了《中华人民共和国劳动法》的相关规定。
三、法律建议
- 劳动者：如果发现公司计算加班费的方式不合理、不合法，可以与用人单位协商，要求按照法定标准计算加班费。协商不成的，可以通过劳动监察投诉或劳动仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。
- 用人单位：应严格遵守相关法律法规，按照劳动合同约定或实际工资情况来计算加班费。避免单方面将加班费计算基数限定为基本工资，以免引发劳动争议和法律纠纷。
总结来说，公司把工资分为基本工资和加班费并不直接违法，但关键在于加班费的计算基数是否合法。如果公司未按照法定标准来计算加班费，损害了劳动者的合法权益，那么这种做法就是违法的。劳动者在遇到此类问题时，应及时咨询并寻求法律帮助。