针对您提出的“虚开普通发票检察院已做出不起诉决定，税务机关怎么行政处罚”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，即使检察院对虚开普通发票的案件做出了不起诉决定，这并不意味着涉事单位或个人就此完全免除了法律责任。在刑事诉讼中，检察院的不起诉决定只是刑事案件处理的一种方式，它并不涵盖或替代行政处罚。

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。但同时，法律也明确规定，对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。这里的“有关主管机关”，在涉及税务违法行为的场合，通常就是税务机关。

接下来，我们来看税务机关如何对这类案件进行行政处罚。根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，虚开发票是一种违法行为，税务机关有权对此进行查处。具体来说，对于虚开发票的行为，税务机关可以没收违法所得，并根据虚开金额的大小处以不同数额的罚款。如果虚开金额在1万元以下，可以并处5万元以下的罚款；如果虚开金额超过1万元，则并处5万元以上50万元以下的罚款。

因此，在检察院对虚开普通发票案件做出不起诉决定后，税务机关仍然有权根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，对涉事单位或个人进行行政处罚。这既是对违法行为的惩戒，也是维护税收秩序和保障国家财政收入的需要。

综上所述，即使检察院对虚开普通发票的案件做出了不起诉决定，税务机关仍然可以依法对涉事单位或个人进行行政处罚。具体的处罚方式和数额，会根据虚开金额的大小和违法行为的严重程度来确定。