结论概述：在新闻背景所述案件中，同一鉴定公司三次鉴定结论不同，且第三次鉴定程序违法却仍被法院采信，这主要涉及鉴定程序违法、法院采信证据的合法性及司法公信力等问题。从法律专业角度来看，法院采信第三次鉴定结论的做法存在争议，且可能违反了相关法律规定。
一、鉴定程序违法性的分析
鉴定委托的合法性：
- 根据《人民法院对外委托司法鉴定管理规定》第二条，鉴定须由法院技术部门统一委托，审判部门不得自行委托。在本案中，第三次鉴定系承办法官绕过技术部门直接要求出具，且使用已失效的旧授权书，这违反了内部职能分离的强制性规定，鉴定委托程序不合法。
重新鉴定的规定：
- 依据《司法鉴定程序通则》第三十二条，重新鉴定原则上应委托原机构以外的机构；即便委托原机构，也须更换鉴定人。本案中，三次鉴定均由同一机构、同一鉴定人作出，程序明显违法。
鉴定材料的质证：
- 根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第三十四条、第四十条，鉴定材料未经质证不得作为根据；鉴定意见明显依据不足的，不得采信。在本案中，涉案广告牌在第三次鉴定前已拆除灭失，鉴定机构无法勘验，属于“无源之水”，鉴定意见明显依据不足。
二、法院采信证据合法性的分析
证据采信的标准：
- 法院采信证据应当遵循合法性、关联性、真实性的原则。在本案中，第三次鉴定程序违法，且鉴定材料未经质证，其真实性、合法性均存疑，因此，法院采信该鉴定结论的做法存在争议。
程序瑕疵与证据无效的区分：
- 程序瑕疵通常指不影响实体公正的轻微技术性错误，可通过补正解决。而本案涉及无合法委托手续、剥夺当事人知情权与质证权、依据已灭失检材进行鉴定等，均属实质性剥夺当事人诉讼权利、严重影响司法公正的情形，应认定为证据无效，而非程序瑕疵。
三、对司法公信力的影响
司法公信力的基石：
- 程序正义是实体正义的基石。司法实践中应严格区分“程序瑕疵”与“程序严重违法”。对于严重违反法定程序获取的证据，司法机关应当坚守排除规则，以维护法律的严肃性与公信力。
本案的警示意义：
- 本案不仅关乎个案正义，更关乎司法鉴定程序的规范化运行。它提醒我们，在司法实践中，必须严格遵守法定程序，确保鉴定委托的合法性、重新鉴定的合规性以及鉴定材料的质证，以维护司法公信力。
四、对当事人的建议
申请再审或申诉：
- 如果当事人认为法院采信第三次鉴定结论的做法违法，且该结论对案件结果产生了实质性影响，可以考虑申请再审或申诉，以维护自己的合法权益。
加强证据收集与质证：
- 在未来的诉讼中，当事人应加强证据的收集与质证工作，确保鉴定材料的真实性、合法性，并积极参与鉴定过程，以维护自己的知情权与质证权。
五、对司法实践的启示
严格遵守法定程序：
- 司法机关在办理案件时，应严格遵守法定程序，确保鉴定委托的合法性、重新鉴定的合规性以及鉴定材料的质证，以维护司法公正与公信力。
加强司法监督与制约：
- 应加强对司法活动的监督与制约，确保司法机关在办理案件时依法行使职权，防止程序违法现象的发生。
综上所述，新闻背景所述案件中，同一鉴定公司三次鉴定结论不同且第三次鉴定程序违法却仍被法院采信的做法存在争议。从法律专业角度来看，法院采信第三次鉴定结论的做法可能违反了相关法律规定，且对司法公信力产生了不良影响。因此，建议当事人在未来的诉讼中加强证据收集与质证工作，并考虑申请再审或申诉以维护自己的合法权益；同时，司法机关也应严格遵守法定程序，加强司法监督与制约，以维护司法公正与公信力。