结论：在二次鉴定推翻第一次鉴定但二次鉴定程序违规的情况下，是否需要再进行鉴定，需根据具体情况判断。一般来说，若程序违规影响鉴定结果公正性，应考虑重新鉴定；若程序违规轻微且不影响结果，可能无需重新鉴定。以下是对此问题的详细分析：
一、程序违规对鉴定结果的影响
程序违规的严重性：
- 如果二次鉴定的程序违规严重，如鉴定机构不具备相应资质、鉴定人员不具备专业资格、鉴定过程未遵循法定程序等，这些违规行为可能直接影响鉴定结果的公正性和准确性。在此情况下，二次鉴定的结果可能无法被采纳，因此需要考虑重新进行鉴定。
程序违规与结果的关系：
- 并非所有程序违规都会导致鉴定结果无效。如果程序违规轻微，且不影响鉴定结果的公正性和准确性，如鉴定报告的格式不符合规范、鉴定时间略有延迟等，这些违规行为可能不会对鉴定结果产生实质性影响。在此情况下，可能无需重新进行鉴定。
二、重新鉴定的必要性
保障当事人权益：
- 在合同纠纷中，鉴定结果往往作为关键证据使用。如果二次鉴定程序违规，且该违规行为可能影响鉴定结果的公正性和准确性，那么为了保障当事人的合法权益，应考虑重新进行鉴定，以确保鉴定结果的合法性和有效性。
维护司法公正：
- 司法公正要求证据必须合法、真实、有效。如果二次鉴定程序违规，且该违规行为导致鉴定结果不公正或不可靠，那么重新进行鉴定是维护司法公正的必要措施。通过重新鉴定，可以确保案件事实得到准确查明，从而维护司法裁判的公正性和权威性。
三、重新鉴定的程序与要求
申请重新鉴定：
- 如果当事人认为二次鉴定程序违规且需要重新进行鉴定，可以向法院或仲裁机构提出申请。申请时，应说明二次鉴定程序违规的具体情况、对鉴定结果的影响以及重新鉴定的必要性。
选定鉴定机构与人员：
- 重新鉴定时，应选定具备相应资质和信誉的鉴定机构以及具备专业资格的鉴定人员。同时，应确保鉴定过程遵循法定程序，保障鉴定的公正性和准确性。
鉴定过程的监督与审查：
- 在重新鉴定过程中，法院或仲裁机构应加强对鉴定过程的监督与审查，确保鉴定机构和人员按照法定程序进行鉴定，并保障当事人的合法权益。
四、实际操作中的建议
收集证据：
- 在申请重新鉴定前，当事人应收集相关证据证明二次鉴定程序违规，如鉴定报告、鉴定过程记录、鉴定机构资质证明等。这些证据将有助于支持当事人的申请并促使法院或仲裁机构作出重新鉴定的决定。
咨询专业律师：
- 由于鉴定程序涉及复杂的法律问题和技术问题，当事人在申请重新鉴定前应咨询专业律师的意见。律师将能够根据当事人的具体情况和案件事实提供专业的法律建议和指导，帮助当事人更好地维护自己的合法权益。
在此类情况下，若你面临合同纠纷且涉及鉴定问题，可以直接向我咨询，我将结合你的具体情况和案件事实，为你提供专业的法律建议和指导。