针对您提出的问题，即“提出两次实质性质疑鉴定意见法院未通知鉴定人出庭作证是否属于程序违法”，我们可以从以下几个方面进行详细分析：
首先，我们需要明确的是，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，特别是第八十一条，它明确规定了：“当事人对鉴定意见有异议或者人民法院认为鉴定人有必要出庭的，鉴定人应当出庭作证。经人民法院通知，鉴定人拒不出庭作证的，鉴定意见不得作为认定事实的根据。”这一条款为鉴定人出庭作证提供了明确的法律依据。
接下来，我们分析您提到的具体情况。在诉讼过程中，如果当事人对鉴定意见提出了实质性的质疑，并且这种质疑是合理的、有根据的，那么根据法律规定，法院应当通知鉴定人出庭作证。鉴定人出庭的目的是为了对鉴定意见进行解释说明，接受当事人的质询和询问，从而确保鉴定意见的公正性、客观性和准确性。
现在，我们回到您的问题本身。如果法院在当事人提出两次实质性质疑鉴定意见后，仍未通知鉴定人出庭作证，那么这种行为是否构成程序违法呢？根据上述法律规定和诉讼原理，我们可以得出以下结论：
违反法定程序：法院未通知鉴定人出庭作证，直接违反了《中华人民共和国民事诉讼法》第八十一条的明确规定，因此构成了程序违法。
剥夺当事人辩论权：鉴定人出庭作证是当事人进行质证和辩论的重要环节。如果鉴定人未出庭，当事人就无法对鉴定意见进行充分的质证和辩论，从而可能影响到案件的公正审理。因此，法院未通知鉴定人出庭作证，实质上也剥夺了当事人的辩论权。
可能影响案件结果：由于鉴定意见在诉讼中往往具有关键性的作用，如果鉴定人未出庭接受质询和询问，那么鉴定意见的公正性、客观性和准确性就可能受到质疑。这种质疑可能进一步影响到法院对案件事实的认定和判决结果。
为了进一步支持上述结论，我们可以参考相关的司法实践和案例。例如，在您提供的参考信息中，就提到了最高法法官会议纪要和高院再审明确的相关案例，这些案例都明确指出了法院未通知鉴定人出庭作证属于程序违法，并可能构成剥夺当事人辩论权的情形。
综上所述，如果法院在当事人提出两次实质性质疑鉴定意见后，仍未通知鉴定人出庭作证，那么这种行为确实构成了程序违法，并可能剥夺了当事人的辩论权。因此，在这种情况下，当事人有权依法提出异议并寻求相应的法律救济。