核心结论：因公行车事故中员工个人受刑法处罚时，公司对员工的补偿需分情况讨论，主要取决于事故责任划分、公司规章制度以及劳动合同约定等因素。以下是具体分析：

1. 员工非主要责任时
   若事故中员工仅承担次要责任或无责任（如对方全责），且员工行为属于职务行为，公司通常需承担工伤保险责任。根据《工伤保险条例》，员工可享受工伤医疗待遇、伤残补助等，公司需配合申报工伤并支付停工留薪期工资。若公司未依法缴纳工伤保险，则需自行承担全部赔偿费用。

2. 员工承担主要责任时

   • 刑事责任与民事赔偿分离：员工被追究刑事责任（如交通肇事罪）不影响其主张民事赔偿的权利。但若员工因故意或重大过失导致事故，公司可根据内部规章制度或劳动合同约定，要求员工承担部分经济损失（如车辆维修费、第三方赔偿款等），但需符合《工资支付暂行规定》中“每月扣除部分不得超过劳动者当月工资20%”的限制。
     
   • 公司补偿的例外情形：若公司存在管理过错（如未提供安全培训、车辆年检不合格等），可能需承担相应比例的赔偿责任，此时员工可主张公司分担部分损失。

3. 劳动合同或规章制度有特别约定时
   若劳动合同或公司规章制度明确约定“因公事故中员工承担刑事责任的，公司不承担补偿责任”，需审查该条款是否合法有效。根据《劳动合同法》第二十六条，若条款排除劳动者权利、加重劳动者责任（如要求员工全额赔偿公司损失），可能被认定为无效，公司仍需承担法定补偿义务。

建议行动：

• 公司应立即启动工伤认定程序，确保员工享受工伤保险待遇；
  
• 审查事故责任认定书及公司规章制度，评估员工过错程度及补偿范围；
  
• 与员工协商补偿方案，必要时通过劳动仲裁或诉讼解决争议。
  

如有进一步细节（如事故责任比例、公司规章制度内容等），可直接向我咨询，我会结合具体情形为您分析补偿方案。