关于小作坊加工切肥牛卷是否合法以及与员工的关系，这主要取决于小作坊的运营是否符合相关法律法规，以及员工与小作坊之间的劳动关系是否合法建立。以下从这两个方面进行详细分析：
一、小作坊加工切肥牛卷的合法性
食品生产许可：
- 根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，从事食品生产活动，应当依法取得食品生产许可。这意味着，如果小作坊想要合法地加工切肥牛卷，必须首先获得相应的食品生产许可证。
- 如果小作坊未取得食品生产许可而擅自从事食品生产活动，将面临法律制裁，包括但不限于罚款、没收违法所得、责令停产停业等。
卫生标准：
- 除了食品生产许可外，小作坊还必须遵守国家关于食品生产的卫生标准。这包括生产环境的卫生条件、生产设备的清洁与维护、原材料的采购与储存等方面。
- 如果小作坊的卫生条件不达标，或者存在其他违反食品安全法规的行为，同样会面临法律制裁。
二、与员工的关系
劳动关系的建立：
- 如果小作坊与员工之间建立了合法的劳动关系，那么双方应当签订书面劳动合同，明确双方的权利和义务。
- 小作坊应当按照国家规定为员工缴纳社会保险费，提供必要的劳动保护条件，并按时支付劳动报酬。
- 如果小作坊未与员工签订书面劳动合同，或者未按照国家规定缴纳社会保险费、提供劳动保护条件等，员工有权向劳动监察部门投诉，并要求小作坊承担相应的法律责任。
劳动安全与健康：
- 在加工切肥牛卷的过程中，员工可能会接触到肉类、刀具等潜在的危险因素。因此，小作坊有义务为员工提供必要的劳动安全与健康保护措施，如提供防护用品、进行安全培训等。
- 如果小作坊未履行上述义务，导致员工发生工伤事故或职业病，小作坊将承担相应的法律责任，包括赔偿员工的医疗费用、误工费等。
综合建议
对于小作坊：
- 在开展加工切肥牛卷业务前，务必确保已取得食品生产许可证，并严格遵守国家关于食品生产的卫生标准。
- 与员工建立合法的劳动关系，签订书面劳动合同，并按照国家规定为员工缴纳社会保险费、提供劳动保护条件等。
对于员工：
- 在入职前，务必了解小作坊是否具备合法的食品生产许可和卫生条件。
- 与小作坊签订书面劳动合同，明确双方的权利和义务。
- 在工作过程中，注意保护自己的劳动安全与健康，如发现小作坊存在违法行为或安全隐患，及时向劳动监察部门投诉。
总之，小作坊加工切肥牛卷的合法性取决于其是否取得食品生产许可并遵守卫生标准；而与员工的关系则取决于双方是否建立了合法的劳动关系并履行了相应的义务。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。