规模化畜禽养殖手续不完善，在特定情况下确实可能适用于按日计罚，但这并非绝对，需结合具体违法情形及地方性法规来判断。以下从多个角度进行详细分析：
一、按日计罚的法律依据与适用条件
按日计罚是一种行政处罚方式，主要针对持续性的环境违法行为。其法律依据主要来源于《环境保护法》第五十九条：“企业事业单位和其他生产经营者违法排放污染物，受到罚款处罚，被责令改正，拒不改正的，依法作出处罚决定的行政机关可以自责令改正之日的次日起，按照原处罚数额按日连续处罚。”
适用条件：
- 违法行为持续存在：即违法排放污染物的行为在行政机关责令改正后，仍然继续或反复发生。
- 拒不改正：在行政机关责令改正后，违法者未采取有效措施停止或纠正违法行为。
- 地方性法规有明确规定：虽然《环境保护法》提供了按日计罚的基本框架，但具体实施往往还需依赖地方性法规或规章的进一步细化。
二、规模化畜禽养殖手续不完善的法律定性
规模化畜禽养殖手续不完善，可能涉及多个方面的法律问题，如未依法办理环境影响评价手续、未取得排污许可证等。这些行为若导致环境污染或生态破坏，则可能构成环境违法行为。
三、规模化畜禽养殖手续不完善是否适用按日计罚
若手续不完善导致持续违法排放：
- 如果规模化畜禽养殖场因手续不完善（如未取得排污许可证）而持续违法排放污染物，且在被责令改正后拒不改正，那么根据《环境保护法》第五十九条，行政机关有权对其按日连续处罚。
若手续不完善但未导致持续违法排放：
- 如果手续不完善并未直接导致持续违法排放污染物（如仅因未办理环境影响评价手续而未开工建设），则可能不直接适用按日计罚。但这种情况下，违法者仍可能面临其他行政处罚，如责令停止建设、罚款等。
地方性法规的特别规定：
- 需要注意的是，不同地区可能根据本地实际情况制定了更为详细的地方性法规或规章，对按日计罚的适用条件、处罚标准等进行了具体规定。因此，在判断规模化畜禽养殖手续不完善是否适用按日计罚时，还需考虑当地的具体规定。
四、法律建议与风险提示
- 完善养殖手续：规模化畜禽养殖场应依法办理所有必要的手续，包括环境影响评价、排污许可证等，以避免因手续不完善而引发的法律风险。
- 积极配合整改：若因手续不完善而受到行政处罚或责令改正，应积极配合行政机关的整改要求，及时停止或纠正违法行为，以避免按日计罚等更严厉的处罚。
- 关注地方性法规：由于按日计罚的具体实施往往依赖地方性法规或规章的进一步细化，因此建议规模化畜禽养殖场密切关注当地的相关法规动态，以便及时调整经营策略。
若您在规模化畜禽养殖过程中遇到手续不完善或相关法律问题，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。