设施农用地用于养殖但未办理相关手续，可能会面临责令退还土地、限期拆除或没收地上建筑物、罚款等处罚，具体处罚措施需根据土地性质、占用面积及情节严重程度等因素综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、土地性质与处罚依据

1. 占用永久基本农田：

   • 处罚依据：根据《土地管理法》第七十七条和第七十五条，以及《基本农田保护条例》第三十三条，未经批准擅自占用永久基本农田发展养殖业，属于非法占用土地行为。
   • 处罚措施：由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，并可能处以罚款，罚款额为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。

2. 占用一般耕地：

   • 处罚依据：同样依据《土地管理法》第七十七条，未经批准擅自占用一般耕地发展养殖业，也构成非法占用土地。
   • 处罚措施：责令退还非法占用的土地，对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；对符合土地利用总体规划的，没收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，可以并处罚款，罚款额为非法占用土地每平方米100元以上1000元以下。

二、占用面积与情节严重程度

1. 占用面积较小且情节轻微：

   • 处罚措施：可能仅面临责令退还土地和限期改正的处罚，罚款金额可能相对较低。

2. 占用面积较大或情节严重：

   • 处罚措施：除了责令退还土地和限期拆除或没收地上建筑物外，还可能面临较高额度的罚款。若构成犯罪，如非法占用农用地罪，还可能依法追究刑事责任。根据《刑法》第三百四十二条，非法占用基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上，造成耕地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。

三、特殊情形与补救措施

1. 符合设施农用地条件但未备案：

   • 情形说明：若养殖项目符合设施农用地的条件，但仅因未办理备案手续而被认定为违法用地，处罚可能相对较轻。
   • 补救措施：应尽快与当地自然资源部门沟通，补办备案手续，以减轻或避免处罚。

2. 已办理部分手续但存在瑕疵：

   • 情形说明：若已办理部分手续，但存在手续不全或程序瑕疵等情况，也可能面临一定的处罚风险。
   • 补救措施：应积极配合相关部门进行整改，完善手续，以降低处罚风险。

四、建议与注意事项

1. 及时咨询与整改：

   • 若发现自己的养殖项目存在未办理手续或手续不全的情况，应及时咨询当地自然资源部门或专业律师，了解具体处罚措施和补救方法，并积极配合整改。

2. 遵守法律法规：

   • 在未来的养殖活动中，应严格遵守相关法律法规和政策要求，确保养殖项目的合法性和合规性。

3. 关注政策动态：

   • 设施农用地的管理政策可能因地区和时间而有所不同，应关注当地政策动态，及时调整养殖策略和管理方式。