违反《畜禽规模养殖污染防治条例》第四十条第二款的处罚，需根据具体违法情形确定，一般包括责令改正、罚款，情节严重的可能面临停业整顿或吊销执照等处罚。以下是详细分析：
一、法律条款内容
《畜禽规模养殖污染防治条例》第四十条第二款规定：“违反本条例规定，畜禽养殖场、养殖小区依法应当进行环境影响评价而未进行的，由环境保护主管部门责令停止建设，限期补办手续；逾期不补办手续的，可以处5万元以上20万元以下的罚款。”
二、处罚措施
责令停止建设与限期补办手续：
- 若畜禽养殖场、养殖小区在建设过程中未依法进行环境影响评价，环境保护主管部门将首先责令其停止建设，并限期补办相关手续。
罚款：
- 若逾期不补办手续，环境保护主管部门将对其处以罚款，罚款金额在5万元以上20万元以下。具体罚款数额将根据违法情节的严重程度、对环境的影响程度等因素综合确定。
其他可能的处罚：
- 除了上述处罚措施外，若违法行为情节严重，如造成重大环境污染事故等，环境保护主管部门还可能依法责令其停业整顿，甚至吊销其相关执照或许可证。
三、处罚的考量因素
在确定具体处罚措施时，环境保护主管部门将综合考虑以下因素：
- 违法情节的严重程度：包括未进行环境影响评价的时间长短、养殖规模大小、是否已造成环境污染等。
- 对环境的影响程度：评估违法行为对周边环境、生态系统等造成的实际影响。
- 整改情况：考察违法者是否积极配合整改、是否已采取有效措施减轻或消除环境污染等。
四、建议与提醒
- 严格遵守法律法规：畜禽养殖场、养殖小区应依法进行环境影响评价，确保养殖活动符合环保要求。
- 积极配合整改：若已被责令停止建设或补办手续，应积极配合相关部门的工作，按时完成整改任务。
- 寻求专业帮助：如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细的法律建议。