违反《畜牧法》第三十九条的处罚，主要依据违法行为的性质和情节严重程度来确定，具体处罚措施包括责令改正、没收违法所得、罚款等。以下是对该问题的详细分析：
一、法律条款解读
《畜牧法》第三十九条主要规定了禁止在特定区域（如生活饮用水的水源保护区，风景名胜区，以及自然保护区的核心区和缓冲区；城镇居民区、文化教育科学研究区等人口集中区域；法律、法规规定的其他禁止养殖区域）建设畜禽养殖场、养殖小区。这是为了保护生态环境、居民健康以及符合其他法律法规的要求。
二、违法行为的处罚
责令改正：
- 对于违反第三十九条，在禁止养殖区域建设畜禽养殖场、养殖小区的行为，首先会由县级以上地方人民政府畜牧兽医行政主管部门责令限期改正。这是要求违法行为人停止违法行为，并采取措施消除违法状态。
没收违法所得：
- 如果违法行为人通过违法建设畜禽养殖场、养殖小区获得了违法所得（如销售畜禽产品获得的收入），那么这部分违法所得将被没收。
罚款：
- 除了责令改正和没收违法所得外，违法行为人还可能面临罚款的处罚。罚款的数额通常根据违法行为的情节严重程度来确定，可能包括违法建设的规模、持续时间、对环境的破坏程度等因素。具体的罚款数额会在相关法律法规或规章中明确规定，或者由执法机关根据实际情况酌情决定，一般罚款金额为违法所得的一倍以上五倍以下。
三、特殊情况考虑
- 情节严重性：如果违法行为情节特别严重，如造成了严重的环境污染或居民健康损害，那么除了上述处罚外，还可能面临更严厉的处罚措施，如吊销相关许可证、责令停产停业等。
- 主动改正与配合调查：如果违法行为人能够主动改正违法行为，并积极配合执法机关的调查和处理工作，那么可能会从轻或减轻处罚。
四、法律建议
- 遵守法律法规：畜禽养殖场、养殖小区的建设和运营应严格遵守《畜牧法》及其他相关法律法规的规定，避免在禁止养殖区域进行建设。
- 及时咨询与了解：在建设和运营过程中，应及时咨询和了解相关法律法规的要求，确保合规经营。
- 积极应对处罚：如果因违法行为受到处罚，应积极配合执法机关的工作，及时改正违法行为，并按照要求缴纳罚款等。
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