针对您提出的“规模以下畜禽养殖污染问题罚款5000的依据是什么”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，虽然许多生态环境保护法律法规中明确规定的罚则多指向规模养殖场，但这并不意味着规模以下畜禽养殖场就可以逃避监管和处罚。实际上，对于规模以下畜禽养殖场的污染问题，同样有明确的法律依据进行处罚。

具体来说，依据如下：

1. 《环境保护法》的相关规定：

   • 该法第四十九条第三款明确规定，“从事畜禽养殖和屠宰的单位和个人应当采取措施，对畜禽粪便、尸体和污水等废弃物进行科学处置，防止污染环境”。此处并未强调规模，而是指所有从事畜禽养殖和屠宰的单位和个人，因此规模以下畜禽养殖场同样需要遵守此规定。

2. 《畜禽规模养殖污染防治条例》的相关规定：

   • 该条例第十四条规定，“从事畜禽养殖活动，应当采取科学的饲养方式和废弃物处理工艺等有效措施，减少畜禽养殖废弃物的产生量和向环境的排放量”。此规定同样没有将非规模养殖场排除在外，因此规模以下畜禽养殖场也需要采取相应措施防止污染。

3. 《排污许可管理条例》的相关规定：

   • 根据最新版《固定污染源排污许可分类管理名录(2019年版)》的要求，通过增加登记管理类别，将以前未纳入行业、未纳入排污单位的规模以下畜禽养殖场也纳入了排污许可管理。
   • 《排污许可管理条例》第二十四条第一款规定，“污染物产生量、排放量和对环境的影响程度都很小的企业事业单位和其他生产经营者，应当填报排污登记表，不需要申请取得排污许可证”。但若未依照规定填报排污信息，则由生态环境主管部门责令改正，并可以处5万元以下的罚款。

4. 地方裁量基准的相关规定：

   • 如《河南省生态环境行政处罚裁量基准》等地方性法规，也明确了对“废气类别”中的“畜禽养殖”进行处罚数额计算的规定，进一步强化了对规模以下畜禽养殖场污染问题的监管和处罚力度。

综上所述，对于规模以下畜禽养殖场的污染问题，罚款5000元是有充足法律依据的。这些法律依据不仅体现了国家对生态环境保护的重视，也要求所有从事畜禽养殖的单位和个人，无论规模大小，都必须严格遵守环保法规，采取有效措施防止污染环境。