结论：工作12小时制中吃饭40分钟是否合法，需结合具体的工作时间安排、劳动法规以及劳动合同或公司规章制度来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从工作时间与休息时间的法律规定角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。若因特殊原因需要延长工作时间，每日不得超过3小时，每月不得超过36小时。
   • 在工作时间内，劳动者有权享受合理的休息和用餐时间。虽然法律没有明确规定具体的用餐时间长度，但通常认为，一个合理的用餐时间应足以让劳动者完成用餐并稍作休息。40分钟的用餐时间，在大多数情况下，应被视为合理。
   • 关键点：若12小时工作制中包含了这40分钟的用餐时间，且整体工作时间未超过法定延长工作时间的限制，同时劳动者在用餐时间内确实得到了休息和用餐，那么这种安排在法律上可能是被接受的。

2. 从劳动合同与公司规章制度的角度：

   • 劳动合同或公司规章制度中应明确规定工作时间、休息时间和用餐时间等。若劳动合同或公司规章制度中明确规定了12小时工作制中包含40分钟的用餐时间，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么这种安排是合法的。
   • 关键点：劳动者在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，了解自己的工作时间和休息时间安排。若对公司规章制度有疑问，应及时向公司人力资源部门或相关负责人咨询。

3. 从实际操作与劳动者权益保护的角度：

   • 即使12小时工作制中包含了40分钟的用餐时间，且整体安排在法律上可能被接受，但公司仍应确保劳动者在用餐时间内确实得到了休息和用餐，不得将用餐时间计入工作时间或要求劳动者在用餐时间内继续工作。
   • 劳动者若认为自己的工作时间或休息时间安排不合理，或公司违反了劳动合同或公司规章制度的规定，可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
   • 关键点：劳动者应保留好相关证据，如工作记录、考勤记录等，以便在需要时证明自己的权益受到了侵害。

建议：

• 对于公司而言，应合理规划工作时间和休息时间，确保劳动者的身心健康和工作效率。同时，应明确劳动合同和公司规章制度中的相关规定，避免产生不必要的劳动纠纷。
• 对于劳动者而言，应了解自己的工作时间和休息时间安排，若对公司安排有疑问或认为自己的权益受到了侵害，应及时与公司沟通或寻求法律援助。

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