针对您被拖欠工资且已签订还款协议的情况，选择申请仲裁、普通起诉还是支付令，需结合具体情况分析，以下是具体建议：

一、申请劳动仲裁

1. 适用情形：若您与用人单位之间的纠纷属于劳动争议范畴（如拖欠工资、未签劳动合同等），且双方已签订还款协议但用人单位未履行，申请劳动仲裁是优先选择。劳动仲裁是劳动争议的前置程序，具有高效、低成本的特点，且仲裁裁决具有法律效力，可直接申请强制执行。
2. 优势：
   • 程序简便：劳动仲裁流程相对简单，周期较短（一般45日内结案，复杂案件可延长15日）。
   • 成本低：仲裁不收取费用，减轻劳动者经济负担。
   • 执行力强：仲裁裁决生效后，可直接向法院申请强制执行。
3. 注意事项：
   • 需在知道或应当知道权利被侵害之日起1年内提出仲裁申请。
   • 需准备还款协议、工资条、考勤记录等证据材料。

二、向法院申请支付令

1. 适用情形：若还款协议内容明确（如欠款金额、还款期限等），且无其他争议，可向法院申请支付令。支付令是一种督促程序，适用于债权人请求债务人给付金钱或有价证券的案件。
2. 优势：
   • 程序快捷：法院受理申请后，经审查符合条件的，会在15日内发出支付令。
   • 成本较低：支付令申请费按财产案件受理费标准的1/3交纳。
   • 执行力强：债务人在收到支付令后15日内未提出异议且不履行付款义务的，债权人可直接申请强制执行。
3. 注意事项：
   • 支付令仅适用于无争议的金钱债务，若债务人提出异议，支付令即失效，需转为普通诉讼程序。
   • 需提供还款协议、债务人身份信息等证据材料。

三、向法院提起普通诉讼

1. 适用情形：若还款协议存在争议（如金额、履行期限等），或债务人下落不明、支付令无法送达，可选择向法院提起普通诉讼。普通诉讼程序更灵活，可全面审查证据和事实。
2. 优势：
   • 程序灵活：可充分举证、质证，法院会全面审查案件事实。
   • 判决效力强：法院判决生效后，可直接申请强制执行。
3. 注意事项：
   • 诉讼周期较长（一般3-6个月，复杂案件可能更长）。
   • 需承担诉讼费、律师费等费用（若委托律师）。
   • 需准备充分的证据材料，如还款协议、转账记录、沟通记录等。

四、综合建议

1. 优先选择劳动仲裁：若纠纷属于劳动争议范畴，且还款协议内容明确，建议优先申请劳动仲裁，程序简便且成本低。
2. 次选支付令：若还款协议无争议且债务人明确，可尝试申请支付令，程序快捷且成本较低。
3. 最后选择普通诉讼：若还款协议存在争议或支付令无法适用，再选择普通诉讼程序。

行动建议：

1. 尽快收集还款协议、工资条、考勤记录等证据材料。
2. 根据纠纷性质选择合适的程序（劳动仲裁、支付令或普通诉讼）。
3. 若对程序不熟悉，可向我进一步咨询，我会根据您的具体情况提供详细指导。

如有其他疑问或需要进一步帮助，请随时向我咨询。