结论：有还款协议的情况下，选择劳动仲裁还是起诉，主要取决于还款协议的性质和内容，以及双方争议的具体事项。以下分情况讨论：

1. 若还款协议涉及劳动争议事项：

   • 情况说明：如果还款协议是双方就劳动争议（如工资拖欠、经济补偿等）达成的和解协议，且该协议明确约定了双方的权利义务，以及争议解决方式（如约定通过劳动仲裁解决），则一般应按照协议约定的方式处理，即向劳动仲裁机构申请仲裁。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动争议双方可以自愿达成和解协议，并可以申请仲裁机构根据和解协议制作调解书。若协议中已明确约定仲裁条款，则仲裁机构具有管辖权。
   • 建议：在此情况下，建议先按照协议约定的仲裁条款向劳动仲裁机构申请仲裁，以维护自身权益。

2. 若还款协议不涉及劳动争议事项，或涉及其他民事纠纷：

   • 情况说明：如果还款协议并不涉及劳动争议，而是涉及其他民事纠纷（如借款、买卖合同等），或者虽然涉及劳动争议但双方未约定仲裁条款，或者约定的仲裁条款无效，则双方可以选择通过诉讼方式解决争议。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，民事纠纷的双方当事人可以自愿选择通过诉讼方式解决争议。若双方未约定仲裁条款，或者约定的仲裁条款无效，则任何一方均有权向人民法院提起诉讼。
   • 建议：在此情况下，建议根据具体情况评估诉讼的可行性和成本效益，并考虑咨询专业律师以获取更具体的法律建议。若决定起诉，应准备好相关证据材料，并按照法定程序向人民法院提起诉讼。

额外建议：

• 在处理此类纠纷时，务必保留好所有相关证据材料，包括还款协议、转账记录、聊天记录等，以便在仲裁或诉讼过程中证明自己的主张。
• 若对法律程序不熟悉或担心自身权益无法得到充分保障，建议及时咨询专业律师以获取法律帮助。

后续行动：

• 根据上述分析，结合自身情况选择合适的争议解决方式。
• 若选择劳动仲裁，应准备好相关证据材料并按照法定程序向劳动仲裁机构申请仲裁。
• 若选择起诉，应准备好起诉状和相关证据材料并按照法定程序向人民法院提起诉讼。

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