员工干一天跑了，不发工资是可以申请仲裁的。

首先，从法律角度来看，即使员工只工作了一天，只要其提供了正常的劳动，就有权获得相应的劳动报酬。公司不能以员工工作时间短为由，拒绝支付工资。如果公司确实存在拖欠或未足额支付工资的情况，员工完全有权向劳动行政部门投诉，并可以申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

在具体操作上，员工可以先尝试与公司进行协商，看能否就工资支付问题达成一致。如果协商无果，员工可以向当地的劳动争议调解委员会申请调解，或者直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在申请仲裁时，员工需要提交相关的证据材料，如工作记录、工资条等，以证明自己的劳动和公司拖欠工资的事实。

综上所述，员工干一天跑了，公司不发工资是违法的。员工有权通过投诉、调解或仲裁等方式来维护自己的合法权益。如果在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。