结论：工厂单休且清明节（周日）只放一天假是否合法，需结合具体情况判断，主要看是否符合国家关于工作时间和休息休假的规定。

分析如下：

1. 关于单休的合法性：

   • 根据《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。同时，用人单位应当保证劳动者每周至少休息1日。这意味着，单休本身并不违法，只要每周总工作时间不超过法定标准，且劳动者每周至少能休息1天。

2. 关于清明节放假的合法性：

   • 清明节是法定节假日，根据《全国年节及纪念日放假办法》，清明节放假1天（农历清明当日）。若清明节恰逢周末，根据规定，用人单位在周末安排劳动者工作的，应首先安排补休；不能安排补休的，应支付不低于工资的200%的工资报酬。
   • 在您描述的情况下，清明节是周日，工厂只放一天假。若这一天假已经包含了清明节的法定假日，且工厂在之前或之后安排了补休，或者支付了相应的加班费，那么工厂的做法是合法的。
   • 若工厂既未安排补休，也未支付加班费，则工厂的做法违法。劳动者有权要求工厂支付加班费或安排补休。

3. 综合判断：

   • 若工厂单休制度下，每周总工作时间不超过44小时，且清明节当天（周日）的放假安排符合上述关于法定节假日放假的规定（即安排了补休或支付了加班费），则工厂的做法合法。
   • 若工厂单休制度下每周总工作时间超标，或清明节当天既未安排补休也未支付加班费，则工厂的做法违法。

建议：

• 您可以先核对一下自己的工作时间记录，确认每周总工作时间是否超标。
• 若确认工厂在清明节当天既未安排补休也未支付加班费，您可以与工厂协商解决，要求工厂支付加班费或安排补休。
• 若协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

后续行动：

• 如有需要，您可以进一步向我咨询关于劳动仲裁的具体流程或注意事项。
• 在处理此类纠纷时，保留好相关证据（如工作时间记录、工资条、与工厂的沟通记录等）非常重要。