结论：单休清明节放三天假扣一天工资是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但若符合特定条件也可能合法。以下为详细分析：
一、一般情况下不合法
法定节假日的工资支付规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，法定节假日（包括清明节）是带薪休假，用人单位应当按照劳动合同规定的标准支付劳动者工资。这意味着，在法定节假日期间，劳动者即使不工作，也应获得全额工资。
单休与法定节假日的关系：
- 单休制度并不影响法定节假日的带薪性质。无论用人单位实行的是单休还是双休制度，法定节假日都是劳动者依法享有的带薪休假。因此，在清明节这样的法定节假日放假，用人单位不应扣除劳动者的工资。
违法行为的后果：
- 如果用人单位在清明节放假期间扣除劳动者的工资，这可能构成违法行为。劳动者有权向劳动监察部门投诉，要求用人单位补发工资，并可能面临相应的法律处罚。
二、特定条件下可能合法
调休安排：
- 如果用人单位在清明节前后进行了调休安排，例如将清明节前后的周末与工作日进行了调换，且这种调休安排已经得到了劳动者的同意，并且符合相关法律法规的规定，那么在这种情况下，用人单位可能根据调休后的实际工作日来计算工资，但这并不意味着直接扣除清明节的工资，而是根据调休后的出勤情况来支付工资。不过，这种情形下，若清明节当天本身属于法定节假日，仍应支付全额工资，调休仅影响其他日期的工资计算。
劳动合同或规章制度中的特别约定：
- 如果劳动合同或用人单位的规章制度中明确规定了，在特定情况下（如单休制度下）法定节假日的工资支付方式，并且这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可能按照这些规定来支付工资。但这种特别约定必须合法、合理，并且已经得到了劳动者的明确同意。在实际操作中，这种特别约定较为罕见，且往往容易引发争议。
三、建议与注意事项
核对劳动合同和规章制度：
- 劳动者应仔细核对自己的劳动合同和用人单位的规章制度，了解关于法定节假日工资支付的具体规定。
与用人单位沟通：
- 如果对工资支付有疑问或不满，劳动者应及时与用人单位沟通，要求用人单位给出合理的解释和说明。
寻求法律援助：
- 如果用人单位的行为确实违反了法律法规的规定，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助来维护自己的合法权益。
举例说明：假设某用人单位实行单休制度，清明节放假三天。如果这三天中有一天是法定节假日（清明节当天），那么用人单位应支付劳动者这一天的全额工资。如果用人单位试图扣除这一天的工资，那么这种行为就是违法的。劳动者有权要求用人单位补发工资，并可以向劳动监察部门投诉。
总结：在大多数情况下，单休清明节放三天假扣一天工资是不合法的。劳动者应了解自己的权益，并在必要时采取行动来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。