结论：公司单休，清明节放了两天假后扣除你一天薪资的行为是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下，若清明节法定假日你已休假且公司扣除的是非法定假日的休息日薪资，则不合法；若扣除的是超出法定假日的调休日薪资，则可能合法。以下为详细分析：
一、法定假日与休息日的区别
法定假日：根据《全国年节及纪念日放假办法》，清明节属于法定假日，通常放假1天（若与周末连休则可能形成3天小长假）。在法定假日期间，劳动者享有带薪休假的权利，用人单位不得安排劳动者工作，若安排工作则需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
休息日：即每周的公休日，对于单休的公司来说，每周会安排一天作为休息日。在休息日期间，劳动者同样享有休息的权利，但用人单位若因生产经营需要安排劳动者工作，且不能安排补休的，则需支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
二、公司扣除薪资的合法性分析
若扣除的是法定假日的薪资：
- 法定假日是带薪休假，公司无权扣除。若公司在清明节法定假日期间已安排你休假，却扣除你一天的薪资，这明显违反了法律规定，你有权要求公司补发被扣除的薪资。
若扣除的是休息日的薪资：
- 对于单休的公司来说，每周会安排一天作为休息日。若公司在清明节期间除了法定假日外，还额外安排了你休息（即调休），且之后扣除你一天的薪资作为调休日的薪资，这种情况需要具体分析：
- 如果公司扣除的是你原本就应享有的休息日（即非因调休而额外增加的休息日）的薪资，则不合法。因为休息日也是劳动者应享有的权利，公司无权扣除。
- 如果公司扣除的是因调休而额外增加的休息日的薪资，且这种调休是合理的（即公司因生产经营需要而安排，且已提前告知你），则可能合法。但即便如此，公司也应确保你的总薪资不低于法定最低标准，且调休日的安排应合理、公平。不过，从常规操作和劳动者权益保护的角度来看，公司因调休而扣除劳动者薪资的做法并不常见，也不被推荐。
三、建议与行动
与公司沟通：
- 首先，你可以与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，了解公司扣除薪资的具体原因和依据。如果公司能够提供合理的解释和依据，且这种做法并不违反法律规定，那么你可能需要接受这一安排。
收集证据并投诉：
- 如果公司无法提供合理的解释和依据，或者你认为公司的做法违反了法律规定，那么你可以收集相关证据（如工资条、考勤记录、公司通知等），并向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门会依法进行调查处理，并维护你的合法权益。
寻求法律援助：
- 如果问题无法得到妥善解决，你还可以考虑寻求法律援助或咨询专业律师。作为专业律师，我可以为你提供更详细、更专业的法律建议和帮助。
总之，公司单休，清明节放了两天假后扣除你一天薪资的行为是否合法，需根据具体情况判断。如果你对公司的做法有疑问或不满，建议及时与公司沟通并寻求法律援助。