在未完成工伤认定时员工选择辞工，公司是否会赔偿，主要取决于后续是否能被认定为工伤以及辞职过程中是否存在影响赔偿请求的行为。以下是对此问题的详细分析：
一、工伤认定的重要性
工伤认定是获取工伤赔偿的前提。根据《工伤保险条例》，只有经过法定程序被认定为工伤的职工，才有权享受工伤保险待遇。因此，无论是否辞职，及时进行工伤认定都是至关重要的。它直接关系到职工能否获得相应的医疗费用、康复费用、伤残补助等赔偿。
二、被认定为工伤后的赔偿责任
单位缴纳工伤保险的情况：
- 如果单位已经为职工缴纳了工伤保险，那么大部分工伤赔偿项目（如医疗费用、康复费用、住院伙食补助费、一次性伤残补助金等）将由工伤保险基金支付。
- 单位需承担的责任主要包括停工留薪期内的工资福利待遇，以及劳动关系解除时的一次性伤残就业补助金等。这些责任不会因职工主动辞职而免除。
单位未缴纳工伤保险的情况：
- 如果单位未为职工缴纳工伤保险，那么根据《工伤保险条例》的规定，单位需按照工伤保险待遇项目和标准支付全部费用。这包括职工因工伤产生的所有医疗费用、康复费用、伤残补助等。
三、未被认定为工伤的情况
- 如果最终结论是不属于工伤，那么职工不能按照工伤标准要求单位进行赔偿。
- 但如果职工认为自身权益受损是因单位存在其他过错行为导致（如劳动条件存在安全隐患、未提供必要的劳动保护等），可以考虑通过其他法律途径（如主张人身损害赔偿）来维护权益。不过，这需要有充分的证据证明单位的过错及因果关系。
四、主动辞职对赔偿的影响
- 主动辞职本身并不影响工伤认定和后续的赔偿主张。职工在辞职后仍有权申请工伤认定，并在被认定为工伤后要求单位承担相应的赔偿责任。
- 但需要注意的是，如果在辞职过程中签署了放弃权利的协议或因辞职导致某些法律后果（如失去法律保护、证据灭失等），可能会影响赔偿请求的实现。因此，在辞职前，职工应充分了解自己的权益和可能面临的风险。
五、建议与注意事项
- 及时申请工伤认定：无论是否辞职，职工都应尽快申请工伤认定，以避免时间延误或自身疏忽导致权益受损。
- 保留相关证据：包括医疗记录、事故报告、目击者证言等，以证明自己的权益和工伤事实。这些证据在后续的工伤认定和赔偿申请中将起到至关重要的作用。
- 谨慎辞职：在未完成工伤认定前，职工应谨慎考虑辞职的决定。如果确实需要辞职，应确保在辞职前与单位协商处理好工伤赔偿事宜，并签署相关协议以保障自己的权益。
举例说明：假设某职工在工作中受伤，但尚未完成工伤认定就选择了辞职。后来，该职工被认定为工伤。在这种情况下，该职工仍有权要求单位承担相应的赔偿责任，包括停工留薪期内的工资福利待遇和一次性伤残就业补助金等。但如果该职工在辞职过程中签署了放弃权利的协议，那么可能会影响其赔偿请求的实现。
综上所述，未完成工伤认定时员工选择辞工，公司是否会赔偿取决于后续是否能被认定为工伤以及辞职过程中是否存在影响赔偿请求的行为。职工应依法维护自己的权益，及时申请工伤认定并保留相关证据。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。