在存在事实劳动关系的情况下，如果签订了注明不存在劳动关系的协议，劳动者可以采取以下步骤来维护自己的权益：

一、明确合同条款的有效性

首先，要分析合同中注明不存在劳动关系的条款是否有效。实际上，如果劳动者已经为用人单位付出了劳动，且用人单位不仅支付了报酬，还对劳动者进行了管理、工作安排等，那么合同中注明不存在劳动关系的条款就可能因与真实情况不符而无效。

二、了解劳动关系的认定依据

劳动关系的认定并非仅依据合同的约定。即便合同中写明不存在劳动关系，但只要符合劳动关系的实质要件，如劳动者遵守用人单位的规章制度、从事用人单位安排且有报酬的劳动等，仍然可以认定双方存在劳动关系。因此，劳动者应了解自己的工作内容、管理方式以及报酬支付等情况，以便在需要时提供证明。

三、收集证据并主张权益

如果劳动者认为自己与用人单位存在劳动关系，可以积极收集相关证据，如工资支付记录、工作证、考勤记录、工作任务安排等。这些证据能够有力地证明劳动者与用人单位之间的实际劳动关系。

在收集到足够证据后，劳动者可以向劳动争议仲裁机构或法院提出确认劳动关系的主张。仲裁机构或法院在处理时，会综合审查各种因素，包括劳动者的工作内容、管理方式、报酬支付等，最终作出符合事实的判定。

综上所述，即使签订了注明不存在劳动关系的协议，劳动者仍然可以通过分析合同条款的有效性、了解劳动关系的认定依据以及积极收集证据并主张权益来维护自己的合法权益。在整个过程中，劳动者应保持冷静和理性，依法行事，以确保自己的权益得到有效保障。