针对您提出的“不定时工时工作制审批超时怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，不定时工时工作制是一种特殊的工时制度，它适用于因生产特点、工作特殊需要或职责范围，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的情况。这种工时制度的实行，需要经过劳动行政部门的批准。
一、审批超时的处理原则
行政责任：如果企业未能在规定时间内完成不定时工时工作制的审批手续，即审批超时，那么企业将可能面临劳动行政部门的行政责任，如警告、罚款等。这是因为企业未依法履行特殊工时制度的审批义务。
劳动合同约定：尽管审批超时，但如果企业与劳动者在劳动合同中已经明确约定了实行不定时工时工作制，并且该制度在审批有效期内已经得到实施，且劳动者实际工作岗位和工作内容未发生实质性变化，那么在审批超时后的一段时间内（如未立即变更劳动合同或未发生实际工作变化的情况下），该约定仍然有效。这是因为劳动合同是双方自愿达成的协议，具有法律约束力。
加班工资问题：对于实行不定时工时工作制的劳动者，一般不执行加班工资的规定。但是，如果审批超时后，企业未及时补办审批手续，并且劳动者能够证明其实际工作时间超过了法定标准工作时间，且企业未安排补休或支付加班工资，那么劳动者有权依法主张加班工资。不过，这一主张需要基于实际证据和法律规定，并非仅凭审批超时即可直接主张。
二、具体处理建议
及时补办审批手续：企业发现审批超时后，应尽快向劳动行政部门补办审批手续，以避免可能的行政责任和法律风险。
与劳动者沟通协商：企业应与劳动者进行沟通协商，明确审批超时的情况和后续处理方案，确保劳动者的权益得到保障。如果劳动者对审批超时后的工时制度有异议，企业应积极回应并寻求合理解决方案。
完善内部管理制度：企业应完善内部管理制度，确保不定时工时工作制的实行符合法律法规要求。这包括建立合理的工时管理制度、考勤记录制度、工资支付制度等，并确保这些制度得到有效执行。
关注劳动者休息权：尽管实行不定时工时工作制，但企业仍应关注劳动者的休息权。企业应采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保劳动者得到充分的休息和恢复。
三、案例参考
以重庆市渝北区人民法院审理的一起劳动争议案件为例，该案中原告主张被告公司不定时工时制审批已过期，要求按照标准工时制计付加班费。但法院审理后认为，双方劳动合同约定了实行不定时工时制，且该制度经过了审批。尽管审批期限已满，但双方并未变更原劳动合同约定内容，原告实际工作岗位和工作内容亦未发生实质性变化。因此，法院驳回了原告的诉讼请求。这一案例表明，在审批超时的情况下，如果劳动合同有明确约定且实际工作情况未发生变化，那么该约定仍然有效。
综上所述，对于不定时工时工作制审批超时的问题，企业应及时补办审批手续、与劳动者沟通协商、完善内部管理制度并关注劳动者休息权。同时，劳动者也应了解自己的权益和法律规定，依法理性维权。