核心结论：员工在医疗期内，如果工资未按标准发放，员工因此辞职的，在符合法定条件的情况下可以申请经济补偿金。具体分析如下：
一、医疗期工资发放标准
根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及相关劳动法律法规，员工在医疗期内，用人单位应当按照不低于当地最低工资标准的80%支付病假工资或者疾病救济费。这是员工在医疗期内应享有的基本工资待遇。
二、辞职与经济补偿金的申请条件
用人单位存在过错：
- 如果用人单位未按照上述标准支付医疗期工资，即存在拖欠或未足额支付工资的行为，这构成了用人单位的过错。
员工因此辞职：
- 员工因用人单位未支付或未足额支付医疗期工资而提出辞职，这是员工行使自己合法权益的行为。
符合法定程序：
- 员工在辞职时，应当遵循法定的程序，如提前通知用人单位、办理工作交接等。同时，员工应当保留好相关证据，如工资条、医疗证明、辞职信等，以证明用人单位存在过错以及自己因此辞职的事实。
三、经济补偿金的计算与申请
经济补偿金的计算：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿金按照员工在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
- 这里的月工资是指员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。如果员工在医疗期内工资有所降低，但按照法律规定，经济补偿金的计算基数应当为员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，且不得低于当地最低工资标准。不过，具体计算时还需考虑医疗期内的实际工资支付情况，以及是否存在其他影响经济补偿金计算的因素。
经济补偿金的申请：
- 员工在符合上述条件的情况下辞职后，可以向用人单位提出经济补偿金的申请。
- 如果用人单位拒绝支付经济补偿金，员工可以向当地劳动监察机构投诉，或者向劳动仲裁机构提起劳动仲裁，甚至向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
四、特殊情况与注意事项
医疗期期限：
- 医疗期的期限根据员工的工作年限和在本单位的工作时间而定，具体规定可参照《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》。员工在医疗期内享有相应的工资待遇和医疗保障。
证据保留：
- 员工在辞职前应当保留好相关证据，如工资条、医疗证明、辞职信等，以证明用人单位存在过错以及自己因此辞职的事实。这些证据在后续的劳动仲裁或诉讼中至关重要。
法律咨询：
- 如果员工在辞职或申请经济补偿金过程中遇到法律问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。
总结与建议：员工在医疗期内如果工资未按标准发放，且因此辞职的，在符合法定条件的情况下可以申请经济补偿金。建议员工在辞职前保留好相关证据，并遵循法定程序进行辞职和申请经济补偿金。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。