若个人借款通过公户还款后对方不承认，可按照以下步骤处理，核心结论是：通过收集和固定证据，结合法律途径解决纠纷：

1. 立即固定转账证据
   首先需调取公户的转账记录，包括银行流水、转账凭证（需显示收款方账号、姓名、金额、转账时间等关键信息）。若通过第三方支付平台（如支付宝、微信）转账，需保存电子回单或交易记录截图。这些证据是证明还款事实的核心材料，务必确保其完整性和真实性。

2. 补充其他辅助证据
   若仅有转账记录，对方可能以“非还款用途”抗辩（如称是货款、赠与等）。此时需补充其他证据形成证据链：

   • 沟通记录：保存与对方关于借款、还款的聊天记录、短信、邮件等，尤其是对方承认借款或同意还款的内容；
     
   • 书面协议：若有借条、借款合同等书面文件，需核对是否约定了还款方式（如通过公户还款）；
     
   • 证人证言：若有第三方见证借款或还款过程，可申请其出庭作证；
     
   • 录音录像：若与对方沟通时录音或录像（需合法取得），可作为辅助证据。

3. 发送书面催告函
   若证据充分，可委托律师向对方发送《律师函》，明确要求其承认还款事实并履行后续义务（如归还借条、出具收据等）。律师函具有法律威慑力，可能促使对方主动协商解决。

4. 提起民事诉讼
   若对方仍拒绝承认，可向法院提起民间借贷纠纷诉讼，主张对方返还借款或确认还款事实。诉讼中需提交以下材料：

   • 起诉状（明确诉讼请求、事实与理由）；
     
   • 证据清单（包括转账记录、沟通记录等）；
     
   • 双方身份信息（如身份证、营业执照等）。
     法院审理重点：会综合审查转账记录、借款合同、沟通记录等证据，判断还款是否与借款存在关联性。若证据充分，法院会支持还款事实。

5. 申请财产保全（可选）
   若担心对方转移财产，可在起诉时或诉讼中申请法院冻结其银行账户、房产等财产，确保后续判决能执行。

风险提示：

• 若公户转账记录显示收款方与借款人姓名不一致（如对方使用他人账户收款），需进一步证明该账户实际由对方控制（如对方书面指定、沟通记录确认等）；
  
• 若借款未约定利息，还款时需明确是否包含本金和利息，避免后续争议；
  
• 诉讼时效为3年，自还款期限届满或对方拒绝承认还款之日起计算，逾期可能丧失胜诉权。

建议行动：

1. 立即整理所有转账记录和沟通记录；
   
2. 委托律师分析证据效力并制定诉讼策略；
   
3. 根据律师建议决定是否发送律师函或直接起诉。
   

如有进一步问题（如证据收集细节、诉讼流程等），可直接向我咨询。