针对您提出的“公司的借款个人代还，但对方不认”的问题，这确实是一个涉及债权债务关系的复杂情况。以下是我从多个角度为您详细分析并给出的建议：
一、法律关系梳理
代还行为的性质：
- 您作为个人代公司偿还借款，这一行为在法律上可能构成无因管理或债务承担。无因管理是指没有法定或约定的义务，为避免他人利益受损失而进行管理或服务的法律事实；债务承担则是指债务人将债务的全部或部分转移给第三人的行为。具体取决于您与公司、债权人之间的约定和实际情况。
对方不认的法律后果：
- 如果对方不认可您的代还行为，可能会否认您与公司之间的债务转移或无因管理关系，从而拒绝向您履行相应的义务（如返还代还款项）。
二、证据收集与固定
书面证据：
- 借款合同：收集并保留公司与债权人之间的借款合同，以证明借款事实的存在。
- 代还协议：如果您与公司或债权人之间有书面协议明确您代还借款的事宜，这是最直接的证据。
- 转账记录：保留您代公司向债权人转账的记录，包括银行转账凭证、支付宝/微信转账记录等，以证明您已经实际履行了代还义务。
证人证言：
- 如果有可能，寻找了解代还情况的证人，如公司员工、债权人方的相关人员等，他们的证言可以作为辅助证据。
其他证据：
- 如录音、录像等，如果能够证明您代还借款的事实，也可以作为证据使用。
三、法律途径解决
协商：
- 首先尝试与对方进行协商，说明代还的事实和依据，看是否能够达成和解。
诉讼：
- 如果协商无果，您可以考虑向法院提起诉讼，要求对方确认您的代还行为并返还相应款项。在诉讼过程中，您需要提交上述收集的证据来支持您的主张。
- 诉讼要点：明确诉讼请求（如确认代还行为有效、返还代还款项等）、选择正确的被告（可能是公司或债权人，取决于具体法律关系）、准备充分的证据材料。
申请支付令：
- 如果您的债权债务关系明确，且对方不否认借款事实但拒绝还款，您还可以考虑向法院申请支付令，要求对方在规定期限内履行还款义务。
四、风险防范与建议
明确约定：
- 在未来进行类似代还行为时，建议与公司、债权人签订书面协议，明确代还的金额、方式、期限以及各方的权利义务等，以避免类似纠纷的发生。
及时沟通：
- 在代还过程中，保持与公司和债权人的及时沟通，确保各方对代还情况有清晰的了解。
法律咨询：
- 在进行任何法律行为前，建议咨询专业律师的意见，以确保您的行为合法有效并降低法律风险。
如果您在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询。我作为专业律师，专注于债权债务、建设工程领域，将为您提供全面、专业的法律服务。