月休假超过约定天数时，工资的计算方式需根据具体情况确定，主要取决于超休的性质（是否为带薪休假、事假、病假等）以及公司规章制度或劳动合同的约定。以下是具体分析：

1. 若超休部分属于带薪休假范畴（如年假、调休假等）
   根据《职工带薪年休假条例》及相关规定，员工依法享受的带薪年休假期间，用人单位应按劳动合同规定的标准支付工资。若员工已用完法定年假或调休假，但公司额外给予的福利假（如补充年假）未明确约定扣薪规则，通常也应按正常工资支付。
   例外情形：若公司规章制度或劳动合同明确约定“超休福利假需扣减工资”，且该条款不违反法律强制性规定（如不低于最低工资标准），则可能按约定执行。

2. 若超休部分属于事假
   事假通常为无薪假，即员工未提供劳动，公司无需支付工资。若公司规章制度或劳动合同约定“事假超过X天需扣减全勤奖或绩效工资”，只要不违反法律强制性规定（如扣减后工资不低于最低工资标准），该约定有效。
   注意：公司不得以“事假”为由变相克扣法定带薪休假工资，否则可能涉嫌违法。

3. 若超休部分属于病假
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工在医疗期内享受病假工资，标准不得低于当地最低工资标准的80%。若超休部分超出医疗期，公司可按事假处理（无薪）或依法解除劳动合同（需支付经济补偿）。

4. 若公司规章制度或劳动合同无明确约定
   根据《劳动合同法》第四条，公司规章制度需经民主程序制定并公示，否则对员工不产生约束力。若超休工资计算无明确依据，员工有权要求按正常工资支付，公司不得单方面扣减。
   建议：公司应完善休假制度，明确各类假期的工资计算规则，并通过培训、签字等方式确保员工知晓；员工也应保留休假申请记录，避免纠纷。

行动建议：

• 对公司：检查规章制度是否合法有效，明确超休工资计算规则，并通过民主程序公示；
  
• 对员工：核对劳动合同和公司制度，保留休假申请证据，若被违法扣薪可向劳动监察部门投诉或申请仲裁。
  

如有具体案例或合同条款需要分析，可进一步提供细节，我会为您详细解答。