关于超出休假请假后工资的计算问题，这确实是一个涉及多方面因素的复杂情况。下面，我将结合相关法律法规和常见实践，为您详细解答。

一、超出正常休息时间加班的工资计算

首先，我们需要明确“超休”在加班语境下的含义，即员工在原本应该休息的时间进行工作。根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，加班费的计算标准如下：

1. 工作日加班：

   • 劳动者在正常工作日超出正常工作时间继续工作，用人单位需支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
   • 计算公式：加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75 ÷ 8 × 加班小时数 × 150%。

2. 休息日加班且不能安排补休：

   • 劳动者在休息日（如周六、周日）工作，且单位不能安排补休，用人单位需支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
   • 计算公式：加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75 × 加班天数 × 200%。

3. 法定休假日加班：

   • 劳动者在法定节假日（如元旦、春节、清明节等）工作，用人单位需支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
   • 计算公式：加班工资 = 月工资基数 ÷ 21.75 × 加班天数 × 300%。

二、超出规定休假天数的处理

如果员工超出了用人单位规定的休假天数，处理方式则需依据用人单位的规章制度及劳动合同来确定。

1. 依据公司规章制度和劳动合同：

   • 首先，应查阅公司的员工手册、考勤制度或劳动合同中关于超休假的具体规定。
   • 这些文件通常会明确超休假的定义、处理方式以及相应的工资扣除标准。

2. 常见扣工资方式：

   • 按日薪比例扣除：根据员工的月基本工资除以当月应出勤天数（通常为21.75天），得出日薪标准。超休假期间按此日薪全额或部分扣除。
   • 视为旷工处理：员工未获批准擅自超休时，可能按旷工论处。旷工扣款通常高于普通缺勤，可能扣发当日工资的1-3倍，甚至影响全勤奖或绩效奖金。
   • 其他特殊规定：部分企业采用阶梯式扣款，或与年假抵扣规则挂钩。具体以公司内部制度为准。

3. 法律限制与注意事项：

   • 扣款后实发工资不得低于当地最低工资标准。
   • 扣款前需履行告知义务，确保员工知晓超休后果。
   • 涉及重大处罚时，建议通过书面通知确认。
   • 若对扣款有异议，可申请劳动仲裁或提起诉讼，并保留考勤记录、沟通证据等材料。

三、总结与建议

超休工资的计算是一个相对复杂的过程，需要考虑多种因素，包括加班类型、公司规章制度、劳动合同约定以及法律规定等。为避免争议，建议用人单位在制定规章制度时确保合法性和合理性，并明确约定在劳动合同中。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，在遇到问题时及时咨询专业的劳动法律师或相关部门以获取准确的指导和帮助。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。