超休假扣工资的方式是一个涉及公司规章制度、劳动合同以及法律规定的问题。以下是对此问题的详细解答：

一、依据公司规章制度和劳动合同

首先，你需要查阅所在公司的员工手册、考勤制度或劳动合同，了解其中关于超休假的具体规定。这些文件通常会明确超休假的定义、处理方式以及相应的工资扣除标准。如果劳动合同中有特别约定，比如“超出法定年假部分按日薪的XX%扣除”或“事假超出一定天数后按旷工处理”，那么应当按照合同执行。

二、常见扣工资方式

1. 按日薪比例扣除：

   • 计算方式：根据员工的月基本工资除以当月应出勤天数（通常为21.75天），得出日薪标准。超休假期间会按此日薪全额或部分扣除。
   • 示例：假设某员工月薪为6000元，超休3天，且公司规定全额扣除，那么扣款金额为 (6000 \div 21.75 \times 3 \approx 827.59) 元。如果规定扣50%，则扣款金额会减半。

2. 视为旷工处理：

   • 适用情形：员工未获批准擅自超休时，可能会按旷工论处。
   • 扣款差异：旷工扣款通常高于普通缺勤，可能扣发当日工资的1-3倍，甚至影响全勤奖或绩效奖金。例如，某公司规定旷工1天扣3倍日薪，那么超休1天的扣款可达 (6000 \div 21.75 \times 3 \approx 2482.77) 元。

3. 其他特殊规定：

   • 部分企业可能采用阶梯式扣款（如超休第1天扣50%、第2天扣70%），或与年假抵扣规则挂钩。具体方式需以公司内部制度为准。

三、法律限制与注意事项

1. 最低工资保障：扣款后员工的实发工资不得低于当地最低工资标准。例如，若某地最低工资为2000元，员工原工资3000元，即使超休扣款也不得使其收入低于2000元。

2. 程序合法性：扣款前用人单位需履行告知义务，确保员工知晓超休的后果。涉及重大处罚（如高额扣款）时，建议通过书面通知进行确认。

3. 争议解决：如果员工对扣款有异议，可以申请劳动仲裁或提起诉讼。在此过程中，员工应注意保留考勤记录、沟通证据等材料。

总结与建议

超休假扣工资的方式是一个综合多方面因素的问题，员工在请假前应仔细阅读劳动合同和公司规定，了解相关的请假和扣款政策。如有任何疑问或争议，应及时与人力资源部门沟通，并寻求专业法律意见。同时，用人单位也应确保工资计算方式的合法性和合理性，以避免引发不必要的劳动争议。