核心结论：若您已与劳务公司签订离职相关文件，但工厂却将您认定为自离，这种情况工厂的做法是不合理的，您可以通过协商、投诉、申请劳动仲裁等途径来维护自身合法权益。以下为您详细分析：
工厂认定自离不合理的原因
从法律层面来讲，自离通常是指劳动者在未与用人单位协商一致，也未按照法定程序提前通知用人单位的情况下，擅自离开工作岗位的行为。而您已经和劳务公司签订了离职相关文件，这表明您是按照一定的程序来办理离职手续的，并非擅自离职。工厂不顾这一事实，将您认定为自离，是没有事实和法律依据的。
工厂此举可能带来的不利后果及您的应对措施
- 工资结算问题
- 不利后果：工厂认定您自离后，可能会以此为由克扣您的工资，比如不支付您离职当月的工资或者扣除部分工资作为“损失赔偿”。
- 应对措施：您可以先与工厂进行友好协商，向工厂说明您已经与劳务公司签订了离职文件，并非自离，要求工厂按照实际工作天数支付您应得的工资。如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权对工厂的违法行为进行调查和处理，责令工厂支付您被克扣的工资。
- 离职证明开具问题
- 不利后果：工厂可能会拒绝为您开具离职证明，或者开具的离职证明上注明您是自离。离职证明对于您后续寻找新的工作非常重要，如果离职证明存在问题，可能会影响您的新工作入职。
- 应对措施：同样先尝试与工厂协商，要求工厂按照实际情况为您开具合法、有效的离职证明。如果工厂拒绝，您可以向劳动监察部门投诉，劳动监察部门会督促工厂为您开具离职证明。如果因为工厂开具的不实离职证明导致您无法入职新单位，您还可以要求工厂承担相应的赔偿责任。
- 经济补偿问题（如果符合条件）
- 不利后果：如果您的离职符合享受经济补偿的条件，比如是工厂存在违法行为（如未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等）导致您离职，工厂认定您自离后可能会拒绝支付经济补偿。
- 应对措施：收集相关证据，证明工厂存在违法行为以及您离职与这些违法行为之间的因果关系。然后向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求工厂支付您应得的经济补偿。
证据收集建议
在与工厂沟通和处理问题的过程中，您要注意收集相关证据，以证明您已经与劳务公司签订了离职文件以及您在工厂的工作情况等。这些证据可以包括：
- 您与劳务公司签订的离职文件原件或复印件。
- 您在工厂的工作证、考勤记录、工资条等，这些可以证明您在工厂的工作时间和工作情况。
- 与工厂沟通的聊天记录、录音等，如果您与工厂就离职和工资等问题进行过沟通，这些沟通记录可以作为证据使用。
如果您在处理这个问题过程中遇到任何困难或者需要进一步的法律帮助，随时都可以向我咨询。